オープンイノベーション促進税制の申請（2025年度）
～今年度中にスタートアップ企業の株式を取得していませんか～
オープンイノベーション促進税制の概要と手続き
本記事は日本国内優遇措置検索サービス「Japan Incentive Insights」のコンテンツです。本記事は2025年3月11日時点の情報に基づいており、最新の情報とは異なる可能性があります。
Japan Incentive Insights（コンテンツページ）：オープンイノベーションを促進するための税制
はじめに
スタートアップ企業の株式を取得し、当該スタートアップ企業との協業等を行っている事業者はオープンイノベーション促進税制を適用できる可能性があります。本記事では、2つの類型（新規出資型・M&A型）のうち、新規出資型について2025年度中の取得株式に関する申請のポイントを解説します。
制度のポイント
オープンイノベーション促進税制は、スタートアップ企業とのオープンイノベーションに向け、日本国内の事業会社又はその国内CVCが、スタートアップ企業の新規発行株式を一定額以上取得する場合、その株式の取得価額の25％を所得控除することができる制度です。
オープンイノベーション促進税制の概要
新規出資型は、国内外のスタートアップ企業の新規発行株式を取得する現金出資が対象であり、第三者からの既発株の取得は対象外です。また、以下のいずれかのみを目的とした出資（純投資）でないことが必要です。
- スタートアップ企業の株式を将来売却することにより利益を受けること
- スタートアップ企業から将来配当を受けること
- 投資契約（M&A型の場合は株式譲渡契約）を結んだ後、スタートアップ企業への継続的関与を伴わずにスタートアップ企業から利益（物品リース料、不動産賃貸料、金融商品等の取引による運用益など）を受けること
なお、適用する場合、3年間は株式を保有し、オープンイノベーション活動を継続する必要があります（毎事業年度末に継続申請が必要です）。
オープンイノベーション要件
スタートアップ企業の株式を取得するだけでなく、以下のオープンイノベーションの要件を3年間継続達成する必要があります。単なる既存事業の量的拡大のための株式取得では対象になりません。申請の際は以下要件を充足することを説明するスライドを作成する必要があります。
申請に向けて
オープンイノベーション促進税制は他制度と異なり、株式取得した事業年度内であれば、株式取得後であっても申請が可能です。事業年度終了日の60日前から終了日の30日後までの間に証明書の交付申請をする必要があります。
ただし、証明書は税務申告に必要なため可能な限り早期に申請することが望ましく、また、申請の前には経済産業省への事前相談（申請の30日～60日前）も必須となっているため、スケジュール管理が重要です。3月決算企業であれば、遅くとも11月～12月中には事前相談を実施することが推奨されます。
オープンイノベーション促進税制を含め、優遇措置の適用の検討を進められる場合は、ぜひデロイト トーマツにご相談ください。
