Für eine Berechtigung zum Vorsteuerabzug muss die Echtheit der Herkunft, die Unversehrtheit des Inhalts sowie die Lesbarkeit gewährleistet sein. Die Echtheit der Herkunft der Rechnung, die Unversehrtheit ihres Inhalts und ihre Lesbarkeit müssen vom Zeitpunkt der Ausstellung bis zum Ende der Aufbewahrungsfrist (in der Regel sieben Jahre, Ausnahme für Grundstücke 22 Jahre) gewährleistet sein. Neben den bisher bereits möglichen Verfahren der qualifizierten elektronischen Signatur oder des elektronischen Datenaustausches (EDI) kann nun die Sicherstellung auch durch ein dokumentiertes innerbetriebliches Steuerungsverfahrens erfolgen.
Durch ein innerbetriebliches Steuerungsverfahren kann ein verlässlicher Prüfpfad zwischen der Rechnung und der Leistung geschaffen werden. Es handelt sich dabei um ein Kontrollverfahren, das einerseits der leistende Unternehmer zum Abgleich der Rechnung mit seinem Zahlungsanspruch verwendet und andererseits der empfangende Unternehmer zum Abgleich der Rechnung mit seiner Zahlungsverpflichtung einsetzt. Dies kann auch durch den manuellen Abgleich mit vorhandenen geschäftlichen Unterlagen (wie Bestellung, Auftrag, Kaufvertrag, Lieferschein) erfolgen, was von den meisten Unternehmern gemacht werden wird. Große Unternehmen mit einer hohen Anzahl an Rechnungen haben zumeist ein entsprechend eingerichtetes Rechnungswesen (internes Kontrollsystem), um den Prüfpfad zwischen Leistung und Rechnung zu gewährleisten. Mit dem innerbetrieblichen Kontrollverfahren soll lediglich die korrekte Übermittlung der Rechnung sichergestellt werden. Eine inhaltlich richtige Rechnung (richtige Rechnungsmerkmale) kann ein Indiz dafür sein, dass bei der Übermittlung keine die Echtheit und Unversehrtheit beeinträchtigenden Fehler aufgetreten sind. Die Ausgestaltung des innerbetrieblichen Steuerungsverfahrens kann frei gewählt werden, muss aber der Größe, Tätigkeit und Art des Unternehmens angemessen sein sowie Zahl und Wert des Umsatzes sowie Zahl und Art der Leistenden und Kunden berücksichtigen. Das angewandte Verfahren ist adäquat zu dokumentieren. Eine Dokumentation hinsichtlich jeder einzelnen Rechnung ist nach Ansicht des BMF nicht erforderlich, wenn die generelle Anwendung des Verfahrens gewährleistet ist. Eine Zertifizierung des innerbetrieblichen Steuerungsverfahrens von Seiten der Finanzverwaltung ist nicht vorgesehen.
Es steht frei, in welcher Form Rechnungen aufbewahrt werden. Sowohl Papierrechnungen als auch elektronische Rechnungen können entweder in Papier oder elektronisch aufbewahrt werden. Werden Papierrechnungen auf Datenträger gespeichert, ist sicherzustellen, dass die Unveränderbarkeit der Rechnung gewährleistet ist. Elektronische Rechnungen müssen über die Dauer der gesetzlichen Aufbewahrungsfrist die Echtheit der Herkunft, die Unversehrtheit des Inhalts und die Lesbarkeit gewährleisten – unabhängig davon, ob sie elektronisch oder in Papierform archiviert werden. Wird eine E-Rechnung in ein anderes Format konvertiert, so muss aus den aufbewahrten Daten zweifelsfrei hervorgehen, dass gegenüber der Originaldatei keine inhaltlichen Änderungen erfolgt sind.