Ulga B+R a SSE/DOW – czy to zawsze instrumenty rozłączne?

Zwolnienie podatkowe w ramach SSE/PSI, a także ulga na działalność badawczo-rozwojową niewątpliwie stanowią bardzo atrakcyjne instrumenty umożliwiające obniżenie przedsiębiorcom ich zobowiązań podatkowych. Czy jednak możliwe jest jednoczesne korzystanie z nich?

Specjalne Strefy Ekonomiczne istnieją od 1994 r., od 2018 r. zastąpione przez Polską Strefę Inwestycji. Ulga na działalność badawczo-rozwojową została wprowadzona natomiast z dniem 1 stycznia 2016 r. poprzez dodanie do ustawy o CIT art. 18d. Początkowo, brzmienie art. 18d ust. 6 ustawy o CIT zakazywało korzystania z tej ulgi w przypadku prowadzenia działalności na terenie specjalnej strefy ekonomicznej na podstawie zezwolenia.

Nowelizacja tego przepisu z 1 stycznia 2018 r. (i późniejsza w związku z powstaniem PSI) wprowadziła jednak znaczącą zmianę – zgodnie z jego obecnym brzmieniem „Podatnikowi, który w roku podatkowym korzysta ze zwolnień podatkowych, o których mowa w art. 17 ust. 1 pkt 34 lub 34a, prawo do odliczenia przysługuje jedynie w odniesieniu do kosztów kwalifikowanych, które nie są przez podatnika uwzględniane w kalkulacji dochodu zwolnionego z podatku na podstawie tych przepisów.” W uzasadnieniu do nowelizacji wskazano, iż „Dotychczas podatnicy, którzy prowadzili choćby niewielką część działalności na terenie specjalnej trefy ekonomicznej, nie mogli korzystać z ulgi B+R. Kwestie te były zgłaszane przez partnerów społecznych w toku prac nad Białą księgą innowacji. Wychodząc naprzeciw tym postulatom, proponuje się, aby prawo do ulgi (odliczenia kosztów) przysługiwało w odniesieniu do kosztów kwalifikowanych, które nie stanowią kosztów prowadzenia działalności na terenie specjalnej strefy ekonomicznej.” Zatem obecne brzmienie ustawy wprost dopuszcza możliwość łącznego korzystania ze zwolnienia podatkowego na podstawie DOW/zezwolenia oraz ulgi B+R – pod pewnymi jednak warunkami.

Jak połączyć posiadanie zezwolenia SSE/DOW z ulgą B+R?

W praktyce mogą wystąpić 3 sytuacje, gdzie podatnik jednocześnie posiada zezwolenie strefowe lub decyzję o wsparciu i korzysta z ulgi B+R:

1) Podatnik nie rozpoczął jeszcze korzystania z pomocy publicznej – obecnie najczęściej w trakcie realizacji inwestycji dla celów DOW (rozpoczęcie korzystania ze zwolnienia ma miejsce w miesiącu zakończenia tej inwestycji). Organy zasadniczo potwierdzają, iż wówczas korzystanie z ulgi B+R jest możliwe, gdyż podatnik prowadzi działalność w pełni opodatkowaną (przykładowo interpretacja indywidualna DKIS z 16.04.2025 r., sygn. 0111-KDIB1-3.4010.164.2025.1.AN, z 27.03.2025 r., sygn. 0111-KDIB1-3.4010.127.2025.1.AN).

2) Równoczesne korzystanie z zezwolenia/DOW oraz ulgi B+R – jest dopuszczalne, niemniej kwestią kluczową jest w tym przypadku ustalenie, co oznacza, iż koszty „są uwzględniane w kalkulacji dochodu zwolnionego”. Organy podatkowe wskazują na konieczność rozróżnienia tego pojęcia od pojęcia „kosztów uwzględnionych w dochodzie zwolnionym”. Ma to szczególne znaczenie w sytuacji, gdy w trakcie roku podatkowego wykorzystany zostanie cały limit dostępnej pomocy z zezwolenia/DOW i część dochodu „strefowego” zostanie efektywnie opodatkowana. W takiej sytuacji organy podatkowe wskazują na brak możliwości uznania za koszty kwalifikowane kosztów składających się na tę część dochodu, gdyż są one uwzględniane w kalkulacji dochodu strefowego – zwolnionego (który jest jednak opodatkowany ze względu na brak dostępnej pomocy) – tak m.in. interpretacja indywidualna DKIS z 27.04.2020 r., sygn. 0111-KDIB1-3.4010.38.2020.1.PC utrzymana wyrokiem NSA z 26.01.2024 r., sygn. II FSK 549/21 (gdzie NSA wskazał: „(…) fakt, że podatnik wykorzysta limit zwolnienia i jedynie część dochodu będzie zwolniona od podatku, a od części będzie musiał zapłacić podatek nie oznacza, że przy obliczeniu tego dochodu uwzględniał tylko część kosztów uzyskania przychodów, do wysokości limitu. Uwzględniał bowiem koszty uzyskania przychodu z działalności gospodarczej prowadzonej w danym roku na podstawie zezwolenia lub decyzji o wsparciu.”. Znane są w tym zakresie również stanowiska przeciwne, np. wyrok NSA z 9 września 2021 r., sygn. II FSK 724/21, gdzie jednak zaznaczono, że koszty strefowe (przed wyczerpaniem limitu pomocy), a następnie te składające się na dochód efektywnie opodatkowany będą precyzyjnie rozdzielona.

Właśnie odpowiednia ewidencja kosztów i ich rozdział między działalność opodatkowaną i zwolnioną stanowi kwestię najważniejszą przy ustalaniu kosztów kwalifikowanych dla celów ulgi B+R – muszą być one sprecyzowane i w żaden sposób nie wpływać na wartość dochodu zwolnionego (tak m.in. interpretacja indywidualna DKIS z 08.04.2020 r., sygn. 0111-KDIB1-3.4010.65.2020.1.BM).

Dodatkowo, należy wskazać, iż organy podatkowe nie zgadzają się na „sztuczne” wyłączanie kosztów działalności badawczo-rozwojowej z kalkulacji dochodu zwolnionego po to, aby uznać je za koszty kwalifikowane dla ulgi B+R, gdy PKWiU zawarte w zezwoleniu/DOW obejmują taką działalność (np. interpretacja indywidualna DKIS z 02.07.2018 r., sygn. 0111-KDIB1-3.4010.228.2018.1.MST, gdzie wskazano, iż koszty powinny być przyporządkowywane do danego wyniku według tego, jakiej działalności faktycznie dotyczą).

3) Korzystanie z ulgi B+R po wyczerpaniu limitu zwolnienia z zezwolenia/DOW (przy założeniu dalszego posiadania tego zezwolenia/DOW) – jest możliwe i nie budzi większych wątpliwości (przykładowo interpretacje indywidualne DKIS z 15.01.2025 r., sygn. 0111-KDIB1-3.4010.727.2024.1.ZK i z 20.09.2024 r., sygn. 0111-KDIB1-3.4010.432.2024.2.AN) z zastrzeżeniami wskazanymi powyżej w odniesieniu do roku, w którym część dochodu strefowego jest efektywnie opodatkowana ze względu na wyczerpanie limitu dostępnej pomocy publicznej.

Równoczesne rozliczenie ulgi B+R i zwolnienia podatkowego w praktyce

Odliczenie ulgi B+R następuje wyłącznie od dochodu opodatkowanego i nie ma ona żadnego wpływu na dochód zwolniony. W celu prezentacji obydwu instrumentów w deklaracji CIT-8 należy wypełnić i złożyć załączniki CIT-8/O, CIT/8S i CIT/BR. Jak wynika z naszej praktyki, w szczególności kwestia rozliczania B+R jest często weryfikowana w trakcie czynności sprawdzających – organy podatkowe weryfikują wartości i zasadność ujęcia poszczególnych kosztów jako kwalifikowanych.

Jak widać, rozliczanie ulgi B+R w sytuacji, gdy dany podmiot posiada zezwolenie strefowe/DOW jest jak najbardziej dopuszczalne. Kwestią kluczową pozostaje właściwy podział kosztów i rozdzielenie wyników opodatkowanego i zwolnionego.