Rechnungen können grundsätzlich auch elektronisch ausgestellt und verschickt werden. Eine elektronische Rechnung kann z.B. mittels E-Mail, als E-Mail Anhang oder als Web-Download erstellt werden. Eine spezielle Form der elektronischen Übermittlung ist genauso wenig vorgeschrieben wie ein bestimmtes Format. Die Rechnung kann daher z.B. als PDF- oder Text-Datei oder auch in einem strukturierten Dateiformat (z.B. als xml-Datei) übermittelt werden. Voraussetzung ist jedoch, dass der Rechnungsempfänger dieser Art der Rechnungsausstellung zustimmt. Die Zustimmung bedarf aber keiner speziellen Form, es muss lediglich Einvernehmen zwischen Rechnungsaussteller und Rechnungsempfänger bestehen, dass die Rechnung elektronisch ausgestellt werden soll. Dies kann z.B. durch eine Rahmenvereinbarung geschehen. Auch eine stillschweigende Zustimmung (Rechnungen werden elektronisch ausgestellt und der Rechnungsempfänger begleicht die Rechnungen fristgerecht) ist möglich. 

Damit eine elektronische Rechnung auch als Rechnung anerkannt wird, muss sichergestellt werden, dass die Echtheit ihrer Herkunft, die Unversehrtheit ihres Inhalts und ihre Lesbarkeit gewährleistet ist. Zur Sicherstellung dieser Voraussetzungen können die folgenden Verfahren bzw. Technologien zur Anwendung kommen: 

• Anwendung eines sogenannten innerbetrieblichen Steuerungsverfahrens, durch das ein verlässlicher Prüfpfad zwischen der Rechnung und der Leistung geschaffen wird 
• Übermittlung der Rechnung über das Unternehmensserviceportal oder über PEPPOL (Pan-European Public Procurement OnLine) 
• Versehen der Rechnung mit einer qualifizierten elektronischen Signatur oder einem qualifizierten elektronischen Siegel 
• Übermittlung der Rechnung im EDI-Verfahren 

In der Praxis bedeutsam ist vor allem das innerbetriebliche Steuerungsverfahren zur Einrichtung eines verlässlichen Prüfpfads. Darunter versteht man ein Kontrollverfahren, das der leistende Unternehmer zum Abgleich der Rechnung mit seinem Zahlungsanspruch oder der die Leistung empfangende Unternehmer zum Abgleich der Rechnung mit seiner Zahlungsverpflichtung einsetzt. Ein solches Verfahren wird grundsätzlich schon aus betriebswirtschaftlicher Sicht vorhanden sein. So wird der Rechnungsempfänger üblicherweise die inhaltliche Richtigkeit der empfangenen Rechnung kontrollieren (wurde die Leistung tatsächlich und in der verrechneten Qualität und Quantität erbracht, stimmt die Rechnung mit der Bestellung überein, etc.). Dabei kann jede:r Unternehmer:in das für ihn oder sie geeignete Verfahren frei wählen. Dies kann im Rahmen eines entsprechend eingerichteten Rechnungswesens geschehen, aber z.B. auch durch einen manuellen Abgleich der Rechnung mit den vorhandenen Unterlagen (Bestellung, Auftrag, Kaufvertrag, Lieferschein, etc.). 

Der geforderte Prüfpfad zwischen Rechnung und Leistung ist dann gegeben, wenn die Verbindung zwischen dem abgewickelten Umsatz und der Rechnung leicht nachzuvollziehbar ist, wenn er die dokumentierten Verfahren einhält und die tatsächlichen Abläufe widerspiegelt. 

In welcher Weise der oder die Unternehmer:in das innerbetriebliche Steuerungsverfahren samt dem verlässlichen Prüfpfad einrichtet, bleibt ihm bzw. ihr selbst überlassen. Das Finanzamt schreibt hier keine bestimmte Methode vor. Die innerbetrieblichen Steuerungsverfahren sollten aber jedenfalls der Größe, Tätigkeit und Art des Unternehmers angemessen sein und Zahl und Wert der Umsätze sowie Zahl und Art der Leistenden und Kunden berücksichtigen. Ein kleines Familien-Unternehmen wird in der Regel andere Verfahren zur Rechnungsprüfung einsetzen als z.B. ein großer Industriebetrieb. Das gewählte Verfahren ist entsprechend zu dokumentieren. 

Liegen alle der genannten Voraussetzungen vor, so ist die elektronische Rechnung einer Papierrechnung gleichgestellt und berechtigt nach den allgemeinen Vorschriften auch zum Vorsteuerabzug. Wie auch im Fall von Papierrechnungen müssen dafür die folgenden Rechnungsmerkmale vorhanden sein: 

• Name, Anschrift und UID-Nummer des Rechnungsausstellers
• Name und Anschrift des Rechnungsempfängers
• Genaue Beschreibung der Lieferung bzw. Leistung
• Tag der Lieferung bzw. Zeitraum der Leistung
• Entgelt (netto), Steuerbetrag und Bruttoentgelt
• Steuersatz
• Ausstellungsdatum und fortlaufende Rechnungsnummer
• UID-Nummer des Empfängers (bei einem Rechnungsbetrag von mehr als EUR 10.000)

Für sog. Kleinbetragsrechnungen (Rechnungsbetrag weniger als EUR 400) gelten Erleichterungen hinsichtlich der notwendigen Rechnungsmerkmale. 

Wird eine Papierrechnung eingescannt und dann elektronisch übermittelt, so gilt diese Rechnung als elektronische Rechnung. Die Papierrechnung darf nur dann zusätzlich übermittelt werden, wenn darin auf die elektronisch übermittelte Rechnung Bezug genommen oder diese eindeutig als Kopie gekennzeichnet wird. Erfolgt dies nicht und wird die Papierrechnung zusätzlich übermittelt (z.B. Versand einer eingescannten Papierrechnung per E-Mail vorab und anschließende Zustellung der Original-Papierrechnung), so schuldet der Rechnungsaussteller zusätzlich die in der physisch übermittelten Rechnung ausgewiesene Umsatzsteuer (Umsatzsteuerschuld Kraft Rechnung). Eine Ausnahme besteht nur dann, wenn inhaltlich identische Mehrfachausfertigungen derselben Rechnung gemeinsam versandt werden (z.B. gemeinsamer Versand einer PDF-Datei und einer xml-Datei oder bei gleichzeitigem Versand an mehrere E-Mailadressen desselben Unternehmens bzw. gleichzeitiger Versand an eine E-Mailadresse des Leistungsempfängers und an eine E-Mailadresse des  Steuerberaters oder der Steuerberaterin).