所得稅協定退稅申請期限延長至10年

【2025／07／28，台北訊】為配合《行政程序法》第131條第1項關於人民公法上請求權十年間不行使即歸於消滅之規定，財政部近年陸續調整與退稅有關的申請時效，包括《稅捐稽徵法》第28條、「所得稅法第八條規定中華民國來源所得認定原則」，以及「外國營利事業跨境銷售電子勞務課徵所得稅作業要點」等規範，皆已將相關減稅或退稅申請期限自原先的5年延長為10年。惟對於外國人或是跨國企業適用租稅協定提出退稅之申請期限仍維持5年不變，因此經常發生法規不一致導致外國企業發現可以適用優惠稅率時，卻已經超過申請期限的窘境。

所幸財政部已於114年4月8日修正發布《適用所得稅協定查核準則》第34條，自同年4月10日起施行，新規定明確將外國納稅義務人向稅捐稽徵機關申請適用租稅協定的退稅期限，由繳納稅款日起5年延長至10年。此修正將有助於提升稅務制度一致性，並為跨國企業爭取更多準備與申請時間。特別是過去涉及集團內部管理或支援服務的交易，現在外國納稅義務人將可有更充分的時間評估案件、補備文件並申請主張適用營業利潤免稅退還原溢繳扣繳稅款。

應注意過渡期間適用原則

勤業眾信稅務部資深會計師陳建宏表示，該項修正亦訂有過渡期間之適用原則，倘外國納稅義務人申請案件自繳納稅款日至適用所得稅協定查核準則第34條「修正施行」時（即114年4月10日）已逾5年者，則仍應適用舊制，換句話說109年4月10日以前的案件並不適用修正後延長10年之規定。舉例而言，日本在台子公司支付國外母公司，並於109年4月14日繳納扣繳稅款，依修正前規定，乙公司申請退稅期間為5年，最後申請日114年4月13日，惟因《適用所得稅協定查核準則》第34條修正施行時（114年4月10日）尚未逾5年，故此列即可適用新規定，其提出申請適用期間延長為為10年。

所得稅協定另有規定者，應優先依該協定辦理

依適用所得稅協定查核準則第4條第1項但書規定，適用之所得稅協定另有規定者，從其規定。陳建宏提醒營利事業注意，於申請前應確認適用之所得稅協定是否有特別規定，如有仍應優先適用。例如駐德國台北代表處與德國在台協會避免所得稅及資本稅雙重課稅及防杜逃稅協定第26 條（來源地領域課稅程序規定）第2項規定：「退稅之申請必須在股利、利息、權利金或其他所得項目適用扣繳稅款所屬之曆年度後之第四年底前提出」。

利用本次延長10年修法之契機 應即刻盤點申請適用租稅協定退稅之可能性

陳建宏表示，不久前就有接觸某客戶日本母公司一直以來都有向台灣子公司提供財會、法遵及人資等集團行政管理服務，並收取每年約新台幣100萬元之集團管理服務收入，台灣子公司每年於給付時皆按給付金額20%辦理就源扣繳稅款20萬元。進一步了解該台灣子公司並未申請降低扣繳稅率之原因，主要是誤將所得稅第25條有關集團管理費若屬於一般行政事務，即不能適用該條按3%優惠稅率辦理扣繳之規定，推論套用在租稅協定中有關營業利潤免稅之適用上，導致該公司一直以來均未主張適用較低之扣繳稅率。

然而，按台日租稅協定第七條營業利潤條款之規定，只要日本母公司在台未構成常設機構及未涉及有關權利金報酬的情況，即可向稅局主張申請適用營業利潤免稅退還溢扣繳之稅款。本例如原本在適用所得稅協定查核準則第34條修正前，因申請退稅期間期限僅為5年，又考量資料的準備可能會耗費大量時間及人力成本，導致較早年度會有逾期無法適用之情況產生，進而降低客戶申請退稅之誘因，以致客戶原本對於申請適用營業利潤免稅退還溢繳稅款興趣缺缺。惟經此次修法放寬延長為10年後，客戶因有更充裕的時間可以準備文件，已經著手重新評估申請適用營業利潤免稅退稅的可能性。

最後陳建表示，適用所得稅協定查核準則第34條修正放寬延長10年期限之規定，更有助於提高所得稅協定適用友善程度，營造出一個制度上更完善且有利外人投資的稅負環境。另外外商企業亦應掌握此次修法，除了回頭檢視過去是否有給付關係企業報酬而未有申請適用優惠扣繳稅率之情形，讓原本已無法退回之扣繳稅款，現在將有機會重新追回，建議營利事業應同時諮詢專業稅務顧問團隊，以確保申請文件能符合稅局之要求，以利後續申請適用租稅協定或是退稅之程序。

勤業眾信稅務部資深會計師陳建宏