Zgodnie z dotychczasową praktyką interpretacyjną na potrzeby podatkowe działalność badawczo-rozwojowa była interpretowana dość szeroko. Za prace B+R uznawano m.in. działania prowadzące do opracowywania nowych (w skali działalności danego podatnika) produktów lub usług – nawet jeśli działalność była inicjowana przez zamówienia kontrahentów.

W sprawie objętej wyrokiem WSA w Rzeszowie z 10 grudnia 2024 r., sygn. I SA/Rz 536/24 (wyrok nieprawomocny) organy doszły do wniosku, że działalność podatnika polegająca na wytwarzaniu produktów dla klientów wpisuje się w zwykłą działalność gospodarczą, a efekt prac stanowi realizację otrzymanego zlecenia od klienta, za które spółka otrzymuje uzgodnione wynagrodzenie. Zdaniem organów, sama unikatowość rozwiązań, nawet uwzgledniająca potrzeby klienta czy jego szczególne wymagania, nie świadczy o ich nowatorstwie – a w konsekwencji nie może być uznana za działalność B+R.

WSA nie zgodził się z powyższym stanowiskiem. Zdaniem sądu, nawet jeśli prace B+R zostały podjęte w związku z zamówieniem kontrahenta, nie dyskwalifikuje to przedmiotowych działań jako prac B+R. W ocenie sądu ważne jest, aby dany produkt nie znajdował się wcześniej w ofercie podatnika i nie był standardowym skutkiem realizacji zamówienia. W omawianym przypadku, dokumentacja dołączona do zamówienia od klienta stanowiła jedynie koncepcję wytworzenia produktu, a nie szczegółową instrukcję, co potwierdza zdaniem WSA, że nowe rozwiązanie mogło powstać w wyniku działalności rozwojowej przedsiębiorcy.

Kolejne istotne rozstrzygnięcie miało miejsce w wyroku WSA w Bydgoszczy 10 września 2024 r., sygn. I SA/Bd 352/24. Sprawa dotyczyła sporu powstałego w związku z podważeniem, w toku kontroli przez organy prawa do ulgi B+R w spółce spełniającej rolę koordynatora i nadzorcy procesów B+R.

Przedsiębiorstwo angażowało się w prace nad tworzeniem nowych środków ochrony roślin na zlecenie kontrahentów. Model biznesowy spółki obejmował m.in. opracowanie koncepcji nowych środków ochrony roślin, dobór składników (we współpracy z podmiotami zewnętrznymi) oraz weryfikację skuteczności nowych środków ochrony roślin (analizując ekspertyzy oraz wyniki badań, które przygotowywały dla spółki zewnętrzne podmioty).

W ocenie organów skarbowych, Spółka pełniła jedynie funkcję administracyjną i pośredniczącą, nie prowadząc bezpośrednio prac badawczo-rozwojowych. Wskazano również, że prawa do wyników prac (w tym praw ochronnych do znaków towarowych) oraz do dokumentacji związanej z nimi należały do podmiotów zlecających, a nie do samej spółki. W konsekwencji model biznesowy spółki nie uprawnia jej do skorzystania z ulgi B+R.

Ze stanowiskiem organów nie zgodził się WSA w Bydgoszczy. W ocenie sądu, prace realizowane przez spółkę były kluczowe dla stworzenia środków ochrony roślin - bez nich żaden nowy produkt by nie powstał. Ponadto, badania wykonane przez podmioty zewnętrzne same w sobie nie same w sobie nie dyskwalifikują prawa do ulgi B+R, w sytuacji, gdy stanowią one jedynie cząstkowe badania i analizy, które następnie poddawane są ocenie pracowników podatnika. Zdaniem sądu, sporne działania nie stanowią jedynie czynności administracyjnych, ale w pełni wypełniają definicję prac B+R zawartą w ustawie o CIT. Na marginesie należy wspomnieć, że sam ustawodawca dopuścił możliwość zaliczenia do kosztów kwalifikowanych dla celów ulgi B+R kosztów zewnętrznych opinii czy ekspertyz zakupionych od jednostek naukowych.

Koszty wynagrodzeń pracowników zaangażowanych w prace B+R stanowią w większości firm główną kategorię kosztów kwalifikowanych uwzględnianą w ramach ulgi B+R. Zgodnie z przepisami, koszty kwalifikowane muszą być wyodrębnione w specjalnej ewidencji – niemniej przepisy nie precyzują dokładnie sposobu w jaki może być prowadzona taka dokumentacja. W związku z tym, kontrola prawidłowości udokumentowania kosztów kwalifikowanych może stanowić główny obszar zainteresowania ze strony organów podatkowych, które dysponują różnymi środkami dowodowymi celem potwierdzenia prawa do skorzystania z ulgi B+R.

Mając na względzie rozstrzygnięcie zapadłe w wyroku WSA w Olsztynie z 15 stycznia 2025 r., sygn. I SA/Ol 451/24, organy podatkowe mogą bardzo szczegółowo weryfikować prawidłowość rozliczenia w uldze B+R kosztów pracowniczych. W przedmiotowej sprawie, organ podatkowy w toku czynności kontrolnych przesłuchał wszystkich pracowników biorących udział w pracach B+R wykazanych przez spółkę (16 osób) oraz przeanalizował ich aneksy do umów o pracę, uwzględniając rodzaje czynności wykonywanych w ramach tych prac. Na podstawie analizy dokumentów i zeznań pracowników, organ podatkowy zakwestionował odliczenia kosztów kwalifikowanych dotyczące 6 pracowników w całości bądź częściowo.

WSA w sprawie toczonej na podstawie skargi podatnika na decyzje organu, ocenił, że ustalenia fiskusa w powyższym zakresie są uzasadnione i znajdują oparcie w zgromadzonym materiale dowodowym. Pracownicy, którzy zostali zakwestionowani przez organ, przyznali, że albo nie brali udziału w pracach B+R, albo ich udział był znacznie mniejszy niż wykazywany przez spółkę. W ocenie WSA, przykłady z zeznań poszczególnych pracowników wskazują, że nie byli oni świadomi szczegółów ani charakteru wykonywanych prac badawczo-rozwojowych, nie potrafili wyjaśnić, na czym polegały ich obowiązki w ramach projektów, a ich udział w pracach był niejasny.