W ostatnich latach sposób ujęcia dofinansowań z Funduszu Gwarantowanych Świadczeń Pracowniczych („FGŚP”) na podstawie art. 15g ustawy Covid-19, tzw. „postojowe” budził sporo wątpliwości, w szczególności w kontekście prowadzenia działalności na podstawie Zezwoleń SSE i Decyzji o Wsparciu.

W ramach większości interpretacji indywidualnych organów podatkowych, przyjęto restrykcyjne podejście zgodnie z którym, takie dofinansowanie stanowi przychód, który powinien być alokowany do działalności opodatkowanej. To podejście powodowało, że przedsiębiorcy posiadający Zezwolenia SSE lub Decyzje o Wsparciu, musieli efektywnie uiszczać podatek (najczęściej 19%) od uzyskanego dofinansowania, ponieważ koszty pracownicze były alokowane do działalności zwolnionej (strefowej), natomiast przychody z tytułu uzyskanego dofinansowania były ujmowane w całości do działalności opodatkowanej.

Część interpretacji została zaskarżona przez podatników do sądów administracyjnych. Rezultatem długoletnich postępowań jest wydanie przez Naczelny Sąd Administracyjny („NSA”) w ostatnim czasie szeregu pozytywnych wyroków (4 lipca 2024 r., sygn. II FSK 1293/22 i II FSK 1528/22, 26 listopada 2024 r., sygn. II FSK 291/22 i II FSK 292/22, 8 stycznia 2025 r., sygn. II FSK 430/22 i 19 lutego 2025 r., sygn. II FSK 651/22), uchylających niekorzystne interpretacje. NSA stwierdził, że dofinansowanie z FGŚP stanowi przychód, który powinien być alokowany do działalności strefowej.

Możliwość uzyskania nadpłaty, termin przedawnienia
 

Na gruncie wyroków NSA, przedsiębiorcy strefowi, którzy zapłacili podatek dochodowy (CIT lub PIT) od dofinansowania FGŚP mogą rozważyć ubieganie się o zwrot nadpłaty. Warto już teraz pochylić się nad potencjalnymi krokami, z uwagi na termin przedawnienia zobowiązań podatkowych, który w części przypadków upłynie już na koniec 2025 r., zamykając drogę do zwrotu podatku.