Łączne i chronologiczne rozliczanie wydanych zezwoleń oraz decyzji o wsparciu stanowi istotną kwestię dla przedsiębiorców korzystających ze zwolnienia podatkowego na podstawie zezwoleń strefowych oraz decyzji o wsparciu (lub rozważających ich uzyskanie). W dotychczas wydawanych interpretacjach organów podatkowych podkreślano, że struktura zwolnienia przewidzianego dla SSE nie jest analogiczna do wsparcia przewidzianego dla nowych inwestycji w ramach PSI. W rezultacie, zdaniem organów podatkowych, inwestorzy prowadzący działalność na podstawie zezwoleń oraz DoW są zobowiązani do prowadzenia odrębnej ewidencji dotyczącej wyniku objętego zwolnieniem na mocy zezwoleń i DoW.

Rozpatrując to zagadnienie wojewódzkie sądy administracyjne wskazywały, że stanowisko zajęte przez DKIS nie znajduje oparcia w obowiązujących przepisach, a Objaśnienia podatkowe (na które szeroko powołuje się DKIS) nie są źródłem powszechnie obowiązującego prawa. W efekcie – zdaniem WSA – łączne i chronologiczne rozliczanie zezwoleń i DoW powinno być dopuszczalne, o czym m.in. świadczy konstrukcja przepisów w ustawie o SSE oraz w ustawie o DoW. Sprawa finalnie trafiła do Naczelnego Sądu Administracyjnego.

W wyroku z dnia 28 maja 2024 r. (sygn. II FSK 1119/21) NSA przychylił się do argumentacji podatnika, wedle której w przypadku inwestycji realizowanych na terenie jednej SSE – w świetle aktualnie obowiązujących przepisów prawa – nie ma podstaw do twierdzenia, że koniecznym jest prowadzenie przez podatnika odrębnej ewidencji wyniku zwolnionego, uzyskiwanego na podstawie zezwoleń SSE i DoW. Takie podejście tworzyłoby dodatkowy obowiązek, który zdaniem NSA nie znajduje poparcia w regulacjach prawnych. W efekcie NSA oddalił skargę kasacyjną DKIS oraz uznał, że istnieje możliwość prowadzenia łącznego i chronologicznego rozliczania wyniku zwolnionego na podstawie zezwoleń SSE oraz DoW. Takie stanowisko jest również prezentowane w linii orzeczniczej, zarówno przez wojewódzkie sądy administracyjne jak i NSA. Przykładem może być wyrok WSA w Olsztynie z dnia 19 grudnia 2023 r. (sygn. I SA/Ol 416/23), a także wyrok NSA z dnia 4 lipca 2023 r. (sygn. II FSK 78/21), w którym Sąd potwierdził poprawność stanowiska podatnika oraz utrzymał w mocy zaskarżony przez DKIS wyrok WSA w Rzeszowie z dnia 8 października 2020 r. (sygn. I SA/Rz 340/20.

Odrębną kwestią, którą należy rozważyć, pozostaje sytuacja, w której inwestor korzysta ze zwolnienia na terenie różnych SSE. Najnowsze orzecznictwo sądów administracyjnych prezentuje mniej korzystny dla podatników pogląd, wedle którego łączne i chronologiczne rozliczanie zwolnienia podatkowego, na podstawie odrębnych zezwoleń (decyzji o wsparciu) wydanych w różnych strefach ekonomicznych nie jest możliwe. Przykładowo, w wyroku z dnia 18 stycznia 2024 r. WSA w Rzeszowie (sygn. I SA/Rz 566/23) zauważył, że zgodnie z przepisami ustawy o SSE ustawodawca nie pozostawał obojętny wobec sposobu i tempa realizacji celów, dla których utworzono specjalne strefy ekonomiczne. W konsekwencji, podmioty posiadające zezwolenia na działalność w danej strefie powinny być zobowiązane do rozliczania pomocy publicznej w sposób powiązany z konkretną strefą, a nie jedynie z faktem, że strefy te znajdują się w tym samym województwie, dla którego przewidziano jednakową maksymalną intensywność pomocy publicznej. Dodatkowo, powołując się na NSA, wielokrotnie wskazywano, że intencje prawodawcy, które są wprost wyrażone w ustawie, wskazują na rozliczenie instrumentów pomocy w obrębie danej strefy, z uwagi na stymulacyjny charakter wsparcia dla konkretnych obszarów. Podobne stanowisko zajął NSA w wyroku z dnia z dnia 15 lutego 2022 r. (sygn. II FSK 1233/19).

Określenie, które wydatki mogą być uznane za koszty kwalifikowane w ramach SSE oraz PSI, ma kluczowe znaczenie dla prawidłowego rozliczenia podatkowego oraz wykorzystania potencjału zwolnienia z podatku dochodowego. Poniżej przedstawimy kilka rozważanych przez sądy przykładów dotyczących kwalifikowalności wydatków w ramach SSE i PSI.

• Koszty infrastruktury energetycznej

Wielu przedsiębiorców nie jest w stanie jednoznacznie określić czy dana infrastruktura energetyczna, może zostać zaliczona do kosztów kwalifikowanych. Pewne wątpliwości dotyczące tego aspektu rozwiał NSA w wyroku z dnia 4 kwietnia 2024 r. (sygn. II FSK 874/21), oddalając skargę kasacyjną DKIS na wyrok WSA w Warszawie z dnia 16 lutego 2021 r. (sygn. III SA/Wa 1515/20), w którym potwierdzono możliwość ujęcia kosztów infrastruktury energetycznej w ramach wydatków kwalifikowanych PSI. W tej sprawie przedsiębiorca zamierzał ponieść wydatki m.in. na budynek energetyczny składający się z kotłowni, zajmującej się produkcją pary oraz z maszyn do produkcji sprężonego powietrza (wykorzystywanego do celów automatyki przemysłowej) oraz chłodnię wentylatorową, będących niezbędnymi dla funkcjonowania zakładu produkcyjnego.

NSA potwierdził, że jeżeli ponoszone w ramach inwestycji wydatki na budynki, maszyny i urządzenia przeznaczone do produkcji energii mają związek z utworzeniem zakładu produkcyjnego, mogą zostać zaliczone do kosztów kwalifikowanych. Zdaniem NSA treść wniosku jednoznacznie wskazywała, że infrastruktura służąca do produkcji energii stanowi integralną część nowego zakładu produkcyjnego, a wytworzona energia będzie zasadniczo wykorzystywana na własne potrzeby. NSA zauważył, że prowadzenie działalności produkcyjnej wymaga dostępu do energii, a brak odpowiedniego zaopatrzenia energetycznego uniemożliwiłby prowadzenie produkcji oraz realizację inwestycji. Jest to orzeczenie korzystne dla przedsiębiorców, ponieważ te wydatki często stanowią element inwestycji.

• Infrastruktura pomocnicza

Jedną z kluczowych spraw dla przedsiębiorców strefowych jest możliwość uznania wydatków na infrastrukturę pomocniczą, takich jak zaplecze administracyjne czy biurowe, za koszty kwalifikowane.

Do tej pory organy podatkowe w wydawanych interpretacjach indywidualnych powoływały się na niewyrażoną w przepisach przesłankę kwalifikowalności kosztów, opierając się na treści Objaśnień podatkowych Ministra Finansów. Zgodnie z Objaśnieniami, jeśli ponoszone w ramach inwestycji wydatki (przykładowo, w zakresie części biurowej, administracyjnej i socjalnej) nie przyczyniają się bezpośrednio do zwiększenia zdolności produkcyjnej istniejącego przedsiębiorstwa, dywersyfikacji produkcji lub zasadniczej zmiany w procesie produkcyjnym, to nie mogą być uznane za kwalifikowane.

W opozycji do wyżej wskazanego stanowiska stanęły wojewódzkie sądy administracyjne, prezentując mniej rygorystyczne dla podatników podejście. Przykładem może być wyrok WSA w Lublinie z dnia 22 listopada 2023 r. (sygn. I SA/LU 472/23). W rzeczonej sprawie przedsiębiorca, planując inwestycję mającą na celu zwiększenie mocy produkcyjnych zakładu, zamierzał ponieść m.in. nakłady związane z częścią biurową, administracyjną i socjalną, a także z wyposażeniem biurowym oraz zagospodarowaniem przestrzeni. WSA uchylił interpretację DKIS i uznał stanowisko przedsiębiorcy za zgodne z obowiązującymi przepisami. Sąd wskazał, że przedstawione wydatki mogą stanowić koszty kwalifikowane i nie można wyprowadzić dodatkowego, niemającego oparcia w przepisach warunku, a także zgodził się ze zdaniem podatnika, że infrastruktura pomocnicza nie jest samodzielną częścią działalności, lecz ma charakter pomocniczy wobec działalności produkcyjnej. W efekcie, według WSA takie wydatki mogą zostać uznane za koszty kwalifikowane, a co za tym idzie, zwiększają limit zwolnienia podatkowego na podstawie DoW.

• Odszkodowania

Kwestia możliwości zwolnienia z opodatkowania wartości odszkodowania otrzymanego od ubezpieczyciela była przedmiotem szeregu spraw przed sądami administracyjnymi. Przykładowo, w wyroku z dnia 31 maja 2023 r. (sygn. II FSK 13/21), NSA uchylił wyrok WSA (sygn. I SA/Gl 9/20), dopuszczający możliwość zwolnienia z opodatkowania odszkodowania na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 34 ustawy o PDOP. NSA nie podzielił zdania WSA o istnieniu związku funkcjonalnego między dochodami z odszkodowania a prowadzoną działalnością gospodarczą, podkreślając, że dokonana przez WSA wykładnia rozszerza zakres rozumienia dochodu zwolnionego. NSA wskazał, że w przepisach będących elementem sporu jest mowa o „dochodach z działalności gospodarczej”, a nie o „dochodach związanych z wykonywaniem działalności gospodarczej”, a zakresy pojęciowe tych sformułowań różnią się, gdzie pierwsze jest bardziej ograniczone niż drugie. W związku z powyższym, zgodnie ze stanowiskiem NSA, przychody z odszkodowań nie stanowią przychodu strefowego.

• Środki otrzymane przez przedsiębiorcę z FGŚP na podstawie art. 15g ustawy o COVID-19

Możliwość zaliczenia do dochodów zwolnionych z opodatkowania środków otrzymanych z FGŚP na dofinansowanie wynagrodzeń pracowników zatrudnionych w ramach działalności prowadzonej na terenie SSE od samego początku budziło wątpliwości. Organy podatkowe nie zgadzały się z podatnikami, zdaniem których dochody z tego tytułu podlegają zwolnieniu, argumentując m.in., że stanowiłoby to nadmiernie idące poszerzenie katalogu dochodów zwolnionych z opodatkowania w ramach SSE/PSI. Według DKIS ustawodawca jasno sprecyzował, że dochody kwalifikujące się do zwolnienia muszą wynikać bezpośrednio z działalności gospodarczej, określonej w zezwoleniu lub decyzji o wsparciu (odpowiednich kodach PKWiU).

Wojewódzkie Sądy Administracyjne w części wydawanych wyroków przyznawały rację podatnikom, wskazując, iż organy zastosowały wykładnię zawężającą, co jest niedopuszczalne, podnosząc, że wskazane zwolnienie obejmuje swym zakresem również te dochody, które są ściśle i funkcjonalnie związane z działalnością regulowaną zezwoleniem SSE/decyzją o wsparciu.

Z taką argumentacją nie zgodził się Naczelny Sąd Administracyjny. W wyroku z dnia 24 maja 2024 r. (sygn. II FSK 1022/21) Sąd uchylił zaskarżony wyrok w całości i oddalił skargę. Argumentacja NSA opierała się m.in. na tym, że w spornych przepisach mowa jest o „dochodach z działalności gospodarczej”, a nie o „dochodach związanych z wykonywaniem działalności gospodarczej”, gdzie należy zauważyć, iż zakresy pojęciowe tych sformułowań są różne, a przez dochód zwolniony z opodatkowania należy rozumieć wyłącznie dochód uzyskany z działalności gospodarczej prowadzonej na terenie SSE, w zakresie określonym w zezwoleniu.

Wyrok WSA w Rzeszowie z dnia 23 kwietnia 2024 r. (sygn. I SA/Rz 87/24), dotyczył kwestii badania ścisłych i funkcjonalnych powiązań między nową inwestycją a dotychczasową działalnością, determinujących zakres zwolnienia na podstawie DoW. Konieczność wystąpienia powiązań została wskazana przez MF w Interpretacji ogólnej oraz Objaśnieniach podatkowych. WSA w Rzeszowie nie zgodził się ze stanowiskiem DKIS, że w tej sprawie wniosek o interpretację indywidualną jest bezprzedmiotowy, a do stanu faktycznego, opisanego we wniosku, będzie miała zastosowane Interpretacja ogólna.

WSA wyeksponował istotę obu instytucji. Zdaniem Sądu, Interpretacje ogólne są skierowane głównie do organów podatkowych w celu ujednolicenia stosowania przepisów podatkowych. W pewnych sytuacjach jednak mają one także zastosowanie do spraw indywidualnych, jednakże, jak wskazał Sąd, może to nastąpić jedynie wtedy, gdy interpretacja ogólna wprost odpowiada na pytanie zadane przez wnioskującego o interpretację indywidualną. Natomiast jeżeli Interpretacja ogólna zawiera jedynie wskazówki, którymi strona może się posłużyć przy ocenie swoich praw i obowiązków, a przedsiębiorca chce uzyskać potwierdzenie w indywidualnym stanie faktycznym, to uznanie takiego wniosku za bezprzedmiotowy stanowi naruszenie prawa procesowego.

WSA podkreślił także ponownie gwarancyjną rolę interpretacji prawa podatkowego, która polega na tym, że podatnik stosujący się do otrzymanej interpretacji nie ponosi negatywnych konsekwencji, nawet jeśli w przyszłych postępowaniach jego obowiązki zostaną określone inaczej.

Moment poniesienia kosztu kwalifikowanego, a co za tym idzie, moment, w którym – w poprzednim stanie prawnym – podatnik nabywał prawo do korzystania ze zwolnienia podatkowego w ramach SSE oraz PSI budzi wiele wątpliwości. Kluczowy w tej sprawie jest również aspekt związany z przyjęciem środków trwałych do używania. Te aspekty regularnie są przedmiotem dyskusji z organami podatkowymi. Należy również zauważyć, że w związku z obowiązującymi od 1 stycznia 2023 r. zmianami przepisów dotyczących korzystania z DoW, w przypadku wsparcia z tytułu kosztów inwestycji, możliwość korzystania ze zwolnienia w ramach DoW została odroczona do miesiąca, w którym upłynął termin zakończenia inwestycji wskazanej w decyzji, podczas gdy w poprzednim brzmieniu mowa była o miesiącu pierwszego poniesienia wydatków kwalifikowanych. Tym samym poniższe orzecznictwo zasadniczo odnosi się do przedsiębiorców, którzy uzyskali decyzję o wsparciu w poprzednim stanie prawnym.

W wyroku z dnia 19 września 2023 r. (sygn. I SA/Bd 229/23) WSA w Bydgoszczy uchylił interpretację indywidualną DKIS, w której to organ stwierdził, że poniesienie kosztów kwalifikowanych nie wystarcza do skorzystania ze zwolnienia w ramach DoW i konieczne jest, aby środki trwałe zostały zaliczone do ewidencji środków trwałych oraz wartości niematerialnych i prawnych. Sąd w uzasadnieniu podkreślił, że nie ma podstaw prawnych do uzależnienia momentu poniesienia wydatków od chwili wpisania środka trwałego do ewidencji.

W efekcie WSA uznał, że momentem poniesienia kosztów kwalifikujących się do objęcia wsparciem jest ich poniesienie zgodnie z zasadą kasową, tj. z chwilą zapłaty, a wsparcie z tytułu kosztów kwalifikowanych nowej inwestycji przysługuje przedsiębiorcy począwszy od miesiąca, w którym poniósł te koszty po dniu wydania DoW.

Niezwykle istotną kwestią dla podatników korzystających z zezwoleń oraz decyzji o wsparciu jest możliwość wstecznej korekty stawek amortyzacji. Takie działanie, poprzez zmniejszenie kosztów uzyskania przychodu działalności strefowej może powodować zwiększenie w danym roku podatkowym wartości dochodu zwolnionego, a tym samym – w zależności od potrzeb – bardziej efektywne (szybsze) wykorzystanie zwolnienia w czasie. Organy podatkowe często twierdziły jednak, że brak jest możliwości podjęcia decyzji dotyczącej obniżenia stawki amortyzacyjnej w trakcie roku ze skutkiem wstecz, dokonując korekty uprzednio dokonywanych odpisów.

W wyrokach z dnia 25 stycznia 2024 r. (sygn. II FSK 545/21 i II FSK 807/21; sprawy zostały rozpoznane łącznie) NSA wskazał, że istnieje możliwość wstecznej korekty stawek amortyzacji, oraz zaznaczył, iż wykładnia językowa art. 16i ust. 5 ustawy o PDOP może budzić wątpliwości, jednakże nie można z tego tytuły wywodzić, że zmiana stawek jest możliwa wyłącznie ex post.

Warty uwagi jest także wyrok NSA z dnia 14 sierpnia 2024 r. (sygn. II FSK 1447/21), w którym Sąd potwierdził poprawność stanowiska WSA w Rzeszowie (sygn. I SA/Rz 558/21) odnośnie do możliwości nieograniczonej kumulacji wsparcia w ramach SSE oraz pomocy de minimis, przyznanej w formie zwolnienia z podatku od nieruchomości.

Zgodnie z zapatrywaniem we wskazanym wyroku, pomimo tego, że to wsparcie zostało udzielone na tę samą inwestycję, to jeśli pomoc w ramach zwolnienia z podatku od nieruchomości została udzielona w odniesieniu do innych kosztów kwalifikowanych lub nie da się jej do takich kosztów przypisać, to może być łączona z pomocą w postaci zwolnienia z podatku dochodowego od osób prawnych (PDOP) bez ograniczeń. To stanowisko jest korzystne dla przedsiębiorców, ponieważ dzięki temu podejściu wartość zwolnienia strefowego jest wyższa, aniżeli w przypadku uznania przez NSA za prawidłowe podejścia przeciwnego.