Z przedstawionego przez wnioskodawcę stanu faktycznego będącego podstawą interpretacji indywidualnej z 13 grudnia 2024 r. (sygn. 0114-KDIP2-1.4010.571.2024.1.JF) wynika, że spółka B, będąca polskim rezydentem podatkowym i jednocześnie spółką dominującą w podatkowej grupie kapitałowej (PGK), planuje przeprowadzenie reorganizacji wewnętrznej obejmującej kilka etapów.

W pierwszej kolejności miała nastąpić wymiana udziałów pomiędzy spółką E a spółką C (w wyniku której E uzyska 100% udziałów w C), a następnie miało zostać przeprowadzone transgraniczne połączenie odwrotne, w ramach którego spółka zależna C przejmie spółkę nadrzędną E.

Jednocześnie, bezpośrednim wspólnikiem spółki C miała stać się spółka B, która dodatkowo miała otrzymać jeden nowy udział w C oraz udziały własne, które wcześniej przysługiwały E.

Jak wskazał wnioskodawca, udziały w spółce E zostały uprzednio nabyte przez spółkę B częściowo w drodze wymiany udziałów w 2019 r., a częściowo poprzez zakup od funduszu inwestycyjnego w 2023 r. – w konsekwencji B stała się 100% udziałowcem E. Po dniu 1 stycznia 2022 r. (tj. po wejściu w życie nowelizacji ustawy o CIT na podstawie ustawy z 29 października 2021 r., Dz.U. z 2021 r. poz. 2105 z póź. zm.) spółka B nie nabywała ani nie obejmowała udziałów w E w wyniku wymiany udziałów, łączenia lub podziału podmiotów.

Wnioskodawca zapytał, czy w związku z planowanym połączeniem odwrotnym, w wyniku, którego B jako wspólnik spółki przejmowanej (E) otrzyma udziały w spółce przejmującej (C), powstanie po stronie B przychód podlegający opodatkowaniu CIT – zarówno w zakresie już istniejących udziałów C, jak i nowo wyemitowanego udziału przydzielonego B w następstwie połączenia.

Zdaniem wnioskodawcy planowana transakcja nie będzie skutkować powstaniem po stronie B przychodu podatkowego na podstawie art. 12 ust. 1 pkt 8ba ustawy o CIT, zarówno w odniesieniu do już istniejących udziałów C, jak i udziału nowo wyemitowanego. Transakcja nie będzie bowiem prowadzić do powstania korzyści ekonomicznej po stronie wspólnika spółki przejmowanej i będzie posiadać uzasadnienie ekonomiczne.

Ponadto, wnioskodawca podkreślił, że neutralność transakcji znajdzie oparcie w wypełnieniu znamion art. 12 ust. 4 pkt 12 ustawy o CIT – w tym zakresie w szczególności podkreślono, że udziały w E zostały wprawdzie nabyte częściowo w drodze wymiany udziałów, ale miało to miejsce jeszcze przed nowelizacją, kiedy to przepis art. 12 ust. 4 pkt 12 ustawy o CIT w brzmieniu obecnym nie obowiązywał.

W konsekwencji, zdaniem wnioskodawcy, transakcja nie będzie skutkować powstaniem przychodu podatkowego po stronie B.

Dyrektor KIS nie podzielił tego stanowiska i uznał je za nieprawidłowe. W odniesieniu do udziałów własnych B organ wskazał, że zgodnie z art. 12 ust. 1 pkt 8ba ustawy o CIT przychodem jest wartość emisyjna udziałów przydzielonych wspólnikowi spółki przejmowanej – również w sytuacji przydziału udziałów własnych, nawet jeśli nie są nowo wyemitowane.

W jego ocenie, przesłanka neutralności z art. 12 ust. 4 pkt 12 lit. a ustawy o CIT nie została spełniona, ponieważ część udziałów w E została objęta w wyniku wcześniejszej wymiany. Identyczne stanowisko organ zajął wobec nowo utworzonego udziału w C, uznając, że powstaje przychód podatkowy niezależnie od daty nabycia wcześniejszych udziałów.

Dodatkowo wskazano na brak przepisów przejściowych w ustawie nowelizującej, co – w ocenie organu – oznacza obowiązek stosowania nowych regulacji do każdej reorganizacji przeprowadzanej po 1 stycznia 2022 r.

Dyrektor KIS podkreślił również, że art. 12 ust. 4 pkt 12 ustawy o CIT nie przewiduje proporcjonalnego podejścia tzn. w przypadku, gdy choćby część udziałów została nabyta w wyniku wcześniejszej restrukturyzacji, cały przychód z nowego połączenia podlega opodatkowaniu.

Na powyższą interpretację wnioskodawca wniósł skargę do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie.

Wyrokiem z 5 czerwca 2025 r. (sygn. akt III SA/Wa 513/25) Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie uchylił zaskarżoną interpretację indywidualną, nie podzielając stanowiska zaprezentowanego przez Dyrektora KIS.

W uzasadnieniu ustnym sąd wskazał, że w analizowanym przypadku nie dochodzi do powstania przychodu podatkowego po stronie spółki B na podstawie art. 12 ust. 1 pkt 8ba ustawy o CIT. W ocenie WSA, przepis ten powinien być stosowany wyłącznie w sytuacjach, w których wspólnik spółki przejmowanej uzyskuje rzeczywiste korzyści ekonomiczne w postaci nowych udziałów.

Tymczasem w ramach planowanego połączenia odwrotnego spółka B nie obejmuje nowych udziałów, dochodzi wyłącznie do przydzielenia istniejących udziałów, które wcześniej przysługiwały E. Sąd podkreślił, że nie występuje tu przysporzenie majątkowe, ponieważ spółka B już przed połączeniem sprawowała pełną kontrolę nad C jako 100-procentowy udziałowiec E.

WSA zaznaczył, że pojęcie wartości emisyjnej, o której mowa w art. 12 ust. 1 pkt 8ba w zw. z art. 4a pkt 16a ustawy o CIT, odnosi się wyłącznie do sytuacji objęcia nowych udziałów, co w tym przypadku nie ma miejsca.

Przyjęcie stanowiska organu skutkowałoby natomiast podwójnym opodatkowaniem tego samego majątku – raz w momencie połączenia, a drugi raz w momencie ewentualnej sprzedaży udziałów, bez możliwości rozpoznania kosztu uzyskania przychodu. Zdaniem sądu, taka wykładnia prowadziłaby do naruszenia zasady neutralności podatkowej wynikającej z Dyrektywy Rady 2009/133/WE.

WSA zwrócił także uwagę, że dyrektywa nie ogranicza zasady neutralności wyłącznie do pierwszej czynności reorganizacyjnej, lecz obejmuje również kolejne etapy przekształceń, dopuszczając opodatkowanie dopiero na etapie rzeczywistej realizacji zysku.

Sąd zaznaczył przy tym, że ograniczenie neutralności wyłącznie do pierwszej reorganizacji, przewidziane w art. 12 ust. 4 pkt 12 lit. a ustawy o CIT, jest niezgodne z art. 8 ust. 1 i 6 Dyrektywy 2009/133/WE. W ocenie sądu, omawiany przepis należy interpretować w sposób zgodny z dyrektywą, a jego literalne brzmienie powinno zostać pominięte jako sprzeczne z prawem unijnym.

Dodatkowo WSA uznał, że zastosowanie przepisów nowelizacji do restrukturyzacji zaplanowanych jeszcze przed jej wejściem w życie narusza zasadę lex retro non agit. Tym samym, sąd w pełni podzielił argumentację wnioskodawcy i uznał interpretację za nieprawidłową zarówno na gruncie prawa krajowego, jak i unijnego.

Wyrok WSA w Warszawie z 5 czerwca 2025 r. (sygn. akt III SA/Wa 513/25) wpisuje się w coraz wyraźniej zarysowującą się linię orzeczniczą, zgodnie z którą obowiązujące od 2022 r. przepisy ustawy o CIT, ograniczające neutralność podatkową wyłącznie do pierwszej czynności reorganizacyjnej, takiej jak połączenie, podział czy wymiana udziałów, są trudne do pogodzenia z celem i treścią Dyrektywy 2009/133/WE.

Już wcześniejsze orzeczenia wojewódzkich sądów administracyjnych m.in. WSA w Gliwicach (z dnia 28 kwietnia 2023 r., sygn. akt I SA/Gl 14/23) oraz WSA w Olsztynie (z dnia 28 czerwca 2023 r., sygn. akt I SA/Ol 118/23), wskazywały na niezgodność krajowych regulacji z przepisami unijnymi, akcentując, że dyrektywa przewiduje możliwość odroczenia opodatkowania zysków do momentu ich faktycznej realizacji, a nie opodatkowania samej restrukturyzacji.

Warto w tym miejscu przypomnieć, że 2 czerwca 2025 r. WSA w Gliwicach, rozpatrując sprawę dotyczącą neutralności drugiej i kolejnych restrukturyzacji, skierował do Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej pytanie prejudycjalne (sygn. akt I SA/Gl 34/25), dotyczące zgodności krajowych przepisów z art. 8 ust. 2 i 6 Dyrektywy 2009/133/WE.

 Odpowiedź TSUE będzie miała kluczowe znaczenie systemowe, ponieważ przesądzi, czy ograniczenie neutralności podatkowej wyłącznie do pierwszej reorganizacji znajduje oparcie w unijnym porządku prawnym. Do czasu wydania wyroku przez Trybunał temat ten pozostaje przedmiotem wykładni sądów krajowych, które coraz częściej odwołują się do prymatu prawa europejskiego i przyjmują wykładnię zgodną z jego celami.

Obecny wyrok warszawskiego sądu stanowi kontynuację tej linii i kolejny istotny głos, który podważa zasadność warunku pierwszej reorganizacji jako przesłanki neutralności podatkowej. WSA w Warszawie, wyprzedzając rozstrzygnięcie omawianego zagadnienia przez Trybunał Sprawiedliwości Unii Europejskiej, zastosował wykładnię zgodną z dyrektywą i pominął stosowanie art. 12 ust. 4 pkt 12 lit. a ustawy o CIT.

Sąd uznał, że przepis ten w obecnym brzmieniu pozostaje w sprzeczności z celem i zakresem zastosowania Dyrektywy 2009/133/WE, która nie ogranicza zasady neutralności podatkowej wyłącznie do jednej reorganizacji, lecz obejmuje również kolejne etapy przekształceń.

Choć sąd formalnie nie rozstrzyga o niezgodności przepisu z prawem unijnym, jednoznacznie wskazuje na konieczność jego niestosowania w przypadku kolizji z regulacjami wspólnotowymi, co de facto prowadzi do jego wyłączenia z obrotu prawnego w podobnych sprawach.

Na marginesie należy zaznaczyć, że choć Dyrektywa 2009/133/WE formalnie odnosi się do reorganizacji transgranicznych, to jej implementacja do polskiego porządku prawnego oraz stanowisko prezentowane w orzecznictwie NSA (wyrok z dnia 20 maja 2022 r., sygn. akt II FSK 2985/20) i WSA (wyrok z dnia 21 listopada 2023 r., sygn. akt III SA/Wa 1657/23) potwierdzały brak podstaw do różnicowania reorganizacji ze względu na ich charakter – transgraniczny lub krajowy.

Jak trafnie podniósł WSA w Warszawie w omawianym wyroku, stosowanie ograniczenia neutralności wyłącznie wobec reorganizacji krajowych prowadziłoby do tzw. odwrotnej dyskryminacji, co pozostaje nie do pogodzenia z zasadami jednolitego rynku oraz równości konkurencji. Jeżeli państwo członkowskie, tak jak Polska, decyduje się implementować dyrektywę także w odniesieniu do reorganizacji krajowych, powinno to nastąpić w sposób spójny i zgodny z jej celem.

Stanowisko zaprezentowane przez WSA w Warszawie w sprawie o sygn. akt III SA/Wa 513/25 stanowi istotny sygnał dla organów podatkowych, że literalne stosowanie krajowych przepisów wbrew celowi i treści dyrektywy nie znajduje akceptacji w aktualnym orzecznictwie.

Sąd nie ograniczył się do wskazania możliwości alternatywnej wykładni, lecz jednoznacznie przyjął, że art. 12 ust. 4 pkt 12 lit. a ustawy o CIT, w zakresie, w jakim wyłącza neutralność podatkową drugiej i kolejnych reorganizacji, nie powinien być stosowany. Może to otwierać drogę do powoływania się na bezpośrednią skuteczność i pierwszeństwo prawa unijnego zarówno w postępowaniach interpretacyjnych, jak i w toku kontroli oraz sporów podatkowych.

Niemniej, do czasu rozstrzygnięcia niniejszej kwestii przez TSUE podatnicy pozostają w stanie niepewności, a każda kolejna reorganizacja potencjalnie może zostać oceniana z uwzględnieniem możliwej niezgodności krajowych regulacji z przepisami unijnymi.