Stát zvýšil sazbu daňového odpočtu na výzkum a vývoj na 150 procent. Bez sjednocení přístupu finančních kontrol ho ale firmy využívat nebudou

Daňový odpočet na výzkum a vývoj umožňuje firmám snížit základ daně dvakrát z týchž nákladů. Jednou jako standardní daňový výdaj, který snižuje základ daně automaticky, a podruhé jako tzv. odčitatelnou položku podle § 34 zákona o daních z příjmů.

Pokud firma například vynaloží 5 000 000 Kč na výzkumné a inovační projekty, třeba na vývoj nového výrobku, technologie nebo výrobního procesu, nejprve si tyto náklady uplatní jako běžný výdaj a následně si od základu daně odečte dalších 7 500 000 Kč. Na takto snížený základ daně se aplikuje sazba daně z příjmů právnických osob 21 %, takže daňová úspora činí 1 575 000 Kč, o 525 000 Kč více než podle původní stoprocentní sazby. Platí, že čím vyšší odpočet, tím větší částka, o kterou se snižuje základ daně, a tím vyšší výsledná úspora. Zvýšení sazby odpočtu ze 100 % na 150 %, které vláda schválila s účinností od 1. ledna 2026, mělo firmy ještě více motivovat k investicím do inovací.

Firmy nástroj nevyužívají, riziko je příliš velké

Přes nespornou výhodnost odpočtu, který byl zaveden již v roce 2005, počet firem, které ho uplatňují, od roku 2014 soustavně klesá. Z původních více než 1 300 firem v roce 2015 na pouhých 731 v roce 2023, tedy za necelých deset let téměř na polovinu. Přitom objem výzkumných a vývojových aktivit v soukromém sektoru nestagnuje. Příčinou poklesu je formalistický a nepředvídatelný přístup finančních úřadů při kontrolách.

Uplatnění daňového odpočtu totiž může být spojeno se zvýšeným zájmem ze strany správce daně. Kontroly přitom zpravidla neposuzují, zda firma výzkum a vývoj skutečně prováděla. Úředníci k tomu často nemají odbornou kvalifikaci. Místo toho se zaměřují na formální náležitosti projektové dokumentace: příliš stručně formulované cíle, nevhodně vymezené časové ohraničení projektu nebo nesrovnalosti v evidenci odpracovaného času. Zároveň platí, že absence jediného formálního požadavku může vést k odmítnutí celého odpočtu. Kontrola může také projekt zpochybnit zpětně až po několika letech. Firmám tak vzniká právní nejistota, kterou nesou po celé roky, a v případě zpětného neuznání odpočtu čelí i úrokům z prodlení za celou dobu řízení.

Specifickým problémem je také nejednotnost přístupu napříč úřady. Na kontroly odpočtů na výzkum a vývoj se v praxi specializuje konkrétní finanční úřad v Ústí nad Orlicí, jehož přístup podnikatelské prostředí vnímá jako mimořádně restriktivní. Tentýž projekt tak může být v jednom regionu uznán a v jiném zamítnut.

„Často slyšíme, jak se Česká republika chce posouvat a být lídrem v inovacích a ve vědě a výzkumu. A pak vidíte běžnou realitu, kde úředníci firmy kontrolují způsobem, který inovace spíš odrazuje,“ vysvětluje Kateřina Novotná, partnerka daňového a právního oddělení ve společnosti Deloitte.

Novotná, jejíž tým doprovází přes 120 klientů uplatňujících odpočet a ročně asistuje u řady daňových kontrol, upozorňuje na další absurditu systému. Firmy vytvářejí speciální dokumentaci výhradně pro daňové účely, přestože jejich výzkumná práce už je jednou zdokumentována v interních systémech, nákresech a záznamech ze schůzek. „Firma může mít sebelepší výzkum, ale pokud úředník vyhodnotí, že cíle projektu jsou formulovány příliš obecně, zamítne se celý odpočet. A soudy tento přístup opakovaně potvrdily,“ dodává Kateřina Novotná.

Stejnou zkušenost potvrzuje Prusa Research, výrobce 3D tiskáren s celosvětovým dosahem, který se v současnosti nachází uprostřed daňové kontroly zaměřené právě na odpočet na výzkum a vývoj. „Daňová kontrola je pro naši firmu časově i organizačně velmi náročná. Zároveň není vždy jasné, jaká úroveň detailu je pro finanční správu považována za dostačující. Významnou část kapacit jsme v průběhu kontroly věnovali obhajování formálních náležitostí, což jsme v tomto rozsahu neočekávali. Jako firma působící v silně konkurenčním mezinárodním prostředí potřebujeme především jistotu a jasná pravidla. Větší předvídatelnost a srozumitelné metodické vedení by nejen nás, ale i další české firmy motivovaly investovat do výzkumu a vývoje mnohem víc, z čehož by profitovala zejména česká ekonomika,“ říká Ondřej Průša, partner Prusa Research.

Soudy rozhodují rozporuplně, firmy nevědí, podle čeho se řídit

Příkladem toho, jak může nepředvídatelný přístup finanční správy poškodit i renomovanou technologickou firmu, je případ společnosti Avast Software s.r.o. Finanční úřad odmítl uznat daňový odpočet ve výši 68,6 milionu korun za projekt vývoje antivirového softwaru pro rok 2017, což vedlo k doměření daně ve výši 13 milionů korun. Důvodem přitom nebyla pochybnost o tom, zda firma výzkum skutečně prováděla, ale způsob, jakým evidovala odpracovaný čas zaměstnanců.

Avast vedl evidenci prostřednictvím procentuálních podílů zaměstnanců na projektu a využíval standardní vývojářské nástroje jako JIRA, Confluence a GIT. Finanční úřad ani Městský soud v Praze tuto evidenci nepovažovaly za dostatečnou. Nejvyšší správní soud toto stanovisko potvrdil a kasační stížnost zamítl s tím, že prokazatelná a oddělená evidence nákladů musí jednoznačně přiřadit konkrétní výdaje ke konkrétnímu projektu.

Případ Avastu přitom kontrastuje s rozsudkem Nejvyššího správního soudu z 18. prosince 2024 ve věci inženýrské společnosti DEL a.s., lídra iniciativy Průmysl 4.0, která každoročně vynakládá na výzkum a vývoj desítky milionů korun. Finanční správa firmě doměřila daň s odůvodněním, že cíle jejího projektu byly příliš obecné, ačkoliv stejný projekt v minulosti kontrolou bez výhrad prošel. Kontrola finančního úřadu přitom začala už 6. března 2017 a 31. července 2019 společnost obdržela seznámení s výsledkem kontrolního zjištění. Nejvyšší správní soud nakonec konstatoval, že finanční správa a soud první instance případ neposoudili dostatečně a opomněly část důkazů, a nařídil nové projednání. Městský soud v Praze následně rozhodl ve prospěch společnosti a finanční úřad jí v lednu letošního roku doměřené prostředky vrátil. Celý spor tak fakticky trval téměř osm let.

„Rozhodnutí Městského soudu v Praze je pro nás zásadně důležité. Ukazuje, že finanční správa nesmí projekty mechanicky odmítat bez důkladného posouzení jejich podstaty. Firmy jako my, které do výzkumu a vývoje investují systematicky a dlouhodobě, potřebují právní jistotu, ne každoroční nejistotu, zda kontrola tentokrát dopadne jinak než ta minulá. Přestože to pro nás nakonec dopadlo dobře, stálo nás to obrovské množství času, energie i nákladů. A to je špatně. Ne každá firma si může dovolit osm let bojovat se státem. Pro řadu z nich to znamená, že musejí jednoduše ukončit podnikání,“ říká Jiří Kabelka, majitel společnosti Del.

Bez systémové změny zůstane novela jen na papíře

„Stát na jedné straně zvyšuje odpočet na 150 %, aby firmy motivoval k inovacím, na druhé straně toleruje přístup úřadů, který je od jeho uplatnění odrazuje. Jde o protichůdné signály. Firmy potřebují jasný závazný metodický pokyn, který stanoví, co přesně a v jakém rozsahu musí doložit. Dnes si každý finanční úřad výklad tvoří sám a riziko odmítnutí celého odpočtu kvůli dílčímu formálnímu pochybení je příliš vysoké," shrnuje Kateřina Novotná z Deloitte.

Aby daňový odpočet skutečně plnil svůj účel, je nutné přijmout systémová opatření. Daňové doměrky by měly nastávat pouze v případech zjevného zneužití, nikoliv u firem, které výzkum skutečně provádějí. Stát by měl zahájit dialog s podnikatelskou sférou o tom, co přesně pod odpočet spadá. V České republice prakticky neexistuje základní výzkum v soukromém sektoru a konsenzus ohledně vymezení experimentálního vývoje chybí. Jen tak může daňový odpočet přestat být zdrojem právní nejistoty a stát se tím, čím být má, tedy skutečným motorem českých inovací.

Česko za konkurenty dál zaostává

Daňový odpočet na výzkum a vývoj je v České republice jediným nástrojem nepřímé podpory inovací v soukromém sektoru. Pokud nefunguje, neexistuje žádná alternativa, která by ho nahradila. Stát přichází nejen o daňové příjmy z mezd a odvodů výzkumných pracovníků, ale také o růst exportů, HDP a dlouhodobou konkurenceschopnost firem. Přitom 25 z 27 členských států EU nějakou formu daňového odpočtu na výzkum a vývoj nabízí a řada z nich firmy k jeho využití aktivně motivuje.

Česká republika si podle Hospodářské strategie státu stanovila cíl dosáhnout 3 % HDP v investicích do výzkumu a vývoje do roku 2030, přičemž dvě třetiny tohoto růstu mají zajistit soukromé investice. V roce 2023 dosahovaly celkové výdaje pouhých 1,8 % HDP, přibližně o pětinu méně, než je průměr EU, zatímco ve vyspělých ekonomikách se podíl investic do výzkumu a vývoje běžně pohybuje mezi 4,5 a 6,5 % HDP. V žebříčku globální konkurenceschopnosti IMD, který porovnává 69 ekonomik světa, se Česká republika sice v loňském roce posunula z 29. na 25. místo, ke splnění svých hospodářských ambicí má však stále daleko.