Theo bà Vũ Thu Ngà, Phó Tổng Giám đốc, Dịch vụ Tư vấn Thuế, Deloitte Việt Nam, Luật Thuế Giá trị gia tăng (GTGT) mới và các văn bản hướng dẫn đã cơ bản giải quyết vướng mắc trọng yếu trong cơ chế hoàn thuế GTGT, song thực tế triển khai vẫn còn điểm nghẽn, ảnh hưởng hiệu quả sử dụng vốn doanh nghiệp.
Cơ chế hoàn thuế GTGT đóng vai trò quan trọng trong hỗ trợ dòng tiền, cải thiện thanh khoản và thúc đẩy đầu tư của doanh nghiệp.
Từ kinh nghiệm tư vấn của Deloitte, nhiều doanh nghiệp vẫn gặp khó khăn trong quá trình hoàn thuế GTGT, tập trung ở ba nhóm chính.
Thứ nhất, công tác hoàn thiện hồ sơ đề nghị hoàn thuế tiêu tốn nguồn lực lớn của doanh nghiệp về cả thời gian và nhân sự, do cần sự chuẩn bị chi tiết và kỹ lưỡng. Trong một số trường hợp dữ liệu lớn, doanh nghiệp còn gặp khó khăn khi tải dữ liệu lên hệ thống của cơ quan Thuế do bị giới hạn về dung lượng. Thứ hai, thời gian kiểm tra hoàn thuế còn kéo dài đối với các trường hợp kiểm tra trước hoàn thuế, đặc biệt với doanh nghiệp có kỳ hoàn thuế dài, số tiền hoàn lớn, hoặc phát sinh giao dịch cần xác minh chéo với nhà cung cấp có rủi ro. Thứ ba, sự khác biệt trong cách hiểu và áp dụng quy định giữa người nộp thuế và cơ quan Thuế, dẫn đến việc doanh nghiệp khó dự báo rủi ro và chuẩn bị hồ sơ thống nhất.
Để quá trình hoàn thuế trở thành “đòn bẩy tài chính thực sự” cho doanh nghiệp, cần sự phối hợp đồng bộ giữa doanh nghiệp - cơ quan Thuế - các cơ quan quản lý liên quan, trong đó trọng tâm là chuẩn hóa quy trình nội bộ và ứng dụng công nghệ. Doanh nghiệp cần xây dựng hệ thống quản trị thuế chuyên nghiệp, kiểm soát quy trình lựa chọn nhà cung cấp nhằm đảm bảo tính minh bạch và nâng cao tính tuân thủ. Ứng dụng công nghệ trong quản lý giúp giảm sai sót, rút ngắn thời gian chuẩn bị hồ sơ và tăng khả năng đáp ứng khi cơ quan thuế yêu cầu đối chiếu. Mặt khác, việc cơ quan Thuế tiếp tục đẩy mạnh chuyển đổi số, tự động hóa quy trình xác minh và tiến tới hoàn thuế tự động được kỳ vọng sẽ rút ngắn thời gian xử lý, tạo thuận lợi hơn cho doanh nghiệp.
Hoàn thuế GTGT không chỉ là một thủ tục hành chính mà là một công cụ tài chính quan trọng giúp doanh nghiệp tái đầu tư và phục hồi tăng trưởng. Khi tính minh bạch, nhất quán và tốc độ xử lý được cải thiện, cơ chế hoàn thuế sẽ thực sự phát huy vai trò “chất xúc tác” cho nền kinh tế.