Naar Nederlands recht worden handelingen met betrekking tot de aan- en verkoop van emissierechten over het algemeen beschouwd als een belastbare levering voor btw-doeleinden. De btw-richtlijn biedt de lidstaten de mogelijkheid om leveringen van emissierechten te onderwerpen aan de btw-verleggingsregeling, in welk geval de btw verschuldigd is door de koper van de emissierechten. Deze optie is in Nederland geïmplementeerd.

Voor scheepvaartbedrijven die binnen en buiten Nederland actief zijn, moeten de mogelijke BTW-implicaties en BTW-rapportageverplichtingen zorgvuldig worden bekeken. Zo kan een (buitenlandse tak van een) Nederlandse scheepvaartmaatschappij die emissierechten koopt op de EU-markt te maken krijgen met BTW-verplichtingen, afhankelijk van de locatie van de verkoper en de structuur van de transactie, en kan het per land verschillen of de BTW-verleggingsregeling van toepassing is. De juiste BTW-registratie, documentatie en nalevingsmaatregelen zijn vereist om ervoor te zorgen dat de scheepvaartmaatschappij wordt geacht aan deze regels te voldoen.
 

In Nederland kunnen de kosten voor de aankoop van emissierechten van invloed zijn op de heffingsgrondslag van de vennootschapsbelasting. Gewoonlijk kunnen deze kosten worden afgetrokken als bedrijfskosten, waardoor de belastbare winst van het bedrijf daalt. De aftrekbaarheid van deze kosten kan echter afhangen van de aard van de kosten en de specifieke feiten en omstandigheden.

Zo kan een Nederlands scheepvaartbedrijf die emissierechten koopt om haar emissies voor EER-reizen te dekken, deze kosten over het algemeen aftrekken van haar belastbaar inkomen. Indien de emissierechten echter voor speculatieve doeleinden worden aangekocht of als beleggingen worden aangehouden, kan de aftrekbaarheid worden beperkt of aan andere regels worden onderworpen. Bedrijven moeten de aard van hun transacties met vergoedingen zorgvuldig evalueren om de juiste fiscale behandeling te bepalen.

Sommige scheepvaartmaatschappijen kunnen ook specifieke aanbestedingsstrategieën toepassen, zoals hedging, om het financiële risico te beheersen dat gepaard gaat met fluctuerende prijzen van emissierechten. Hedging houdt in dat er financiële contracten worden afgesloten om de prijzen voor toekomstige aankopen vast te zetten, wat de kosten kan stabiliseren maar ook extra belastingcomplexiteiten met zich meebrengt. Winsten of verliezen uit afdekkingstransacties kunnen bijvoorbeeld onderworpen zijn aan andere belastingregels dan de onderliggende transacties met vergoedingen. Als deze afdekkingscontracten centraal door een Nederlandse entiteit voor andere groepsentiteiten worden beheerd, kunnen er verdere gevolgen voor de verrekenprijzen ontstaan.

Als een scheepvaartmaatschappij een centrale entiteit binnen de groep opricht, zoals een Nederlandse entiteit, om de aankoop van alle emissierechten af te handelen, kunnen er belangrijke overwegingen met betrekking tot verrekenprijzen ontstaan.

Als een Nederlandse entiteit bijvoorbeeld wordt aangewezen als het centrale inkooppunt voor alle emissierechten voor de groep, en deze vervolgens verkoopt aan andere groepsentiteiten (bijv. werkmaatschappijen in Griekenland, Spanje of Duitsland), zou het nodig zijn om de passende vergoeding voor de Nederlandse entiteit te bepalen op basis van haar uitgeoefende functies, aanvaarde risico's, en gebruikte activa. Dit kan leiden tot de conclusie dat de activiteiten van de Nederlandse entiteit kunnen worden gekwalificeerd als een dienst (centrale inkoophub zonder risico), of als partij bij de verkoop van de emissierechten (waarbij de Nederlandse entiteit ook bepaalde risico's beheert en beheerst). Bovendien, zoals hierboven vermeld, als de groep zijn financiële risico's als gevolg van de schommelende prijzen van de emissierechten beheert door middel van hedgingactiviteiten, moet ervoor worden gezorgd dat dergelijke hedgingactiviteiten passend worden vergoed vanuit het oogpunt van verrekenprijzen. Het is daarom van cruciaal belang om inzicht te hebben in de functies die de Nederlandse entiteit vervult, de risico's die zij loopt en de activa die zij gebruikt, evenals in de andere partijen die bij de transacties betrokken zijn, om ervoor te zorgen dat een passend beleid voor verrekenprijzen wordt geïmplementeerd. De groep moet ook adequate documentatie over verrekenprijzen bijhouden om het zakelijke karakter van de prijsstelling van de transacties tussen de partijen te rechtvaardigen.

Scheepvaartbedrijven die profiteren van de Nederlandse tonnagebelastingregeling moeten beoordelen of de kosten in verband met emissierechten van invloed zijn op hun subsidiabiliteit of op de berekening van hun belastbare grondslag. De Nederlandse tonnagebelastingregeling stelt bedrijven in staat om hun belastbare winst te berekenen op basis van de nettotonnage van hun vloot, wat doorgaans resulteert in een lagere belastinggrondslag in vergelijking met de standaard vennootschapsbelastingregeling.

Als een bedrijf onder de Nederlandse tonnagebelastingregeling bijvoorbeeld aanzienlijke kosten maakt in verband met emissierechten, moet het bepalen of deze kosten aftrekbaar zijn in het kader van de tonnagebelasting. Gezien de complexiteit van de manier waarop de Nederlandse Belastingdienst deze regels kan interpreteren, kan vroegtijdige afstemming helpen om onverwachte belastingaanslagen te voorkomen en naleving te garanderen.