Zwolnienie z podatku dochodowego w SSE i w ramach decyzji o wsparciu na różnych obszarach – korzystny wyrok NSA

26 marca 2026 r. Naczelny Sąd Administracyjny wydał korzystny dla podatników wyrok (sygn. II FSK 841/23) w sprawie dotyczącej zasad rozliczania zwolnienia podatkowego przy jednoczesnym korzystaniu z zezwoleń strefowych oraz decyzji o wsparciu.

Sednem sporu było to, czy różnice obszarowe pomiędzy zezwoleniami strefowymi a decyzją o wsparciu przekreślają możliwość łącznego ustalania dochodu zwolnionego. W praktyce spór obejmował więc także kwestię prowadzenia jednej ewidencji dla działalności zwolnionej oraz chronologicznego rozliczania pomocy publicznej.

Sprawa dotyczyła przedsiębiorcy prowadzącego działalność na podstawie zezwoleń strefowych oraz decyzji o wsparciu. Istotne było przy tym, że instrumenty te odnosiły się do różnych obszarów.

Stanowisko organu i sądu I instancji

Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej zakwestionował możliwość prowadzenia jednej wspólnej ewidencji dla działalności zwolnionej oraz łącznego, chronologicznego rozliczania pomocy publicznej. U podstaw tego stanowiska leżało założenie, że skoro decyzja o wsparciu i zezwolenia strefowe powinny być rozliczane odrębnie, w każdym przypadku, niezależnie od tego czy zostały wydane na prowadzenie działalności na tym samym terenie.

Wojewódzki Sąd Administracyjny co prawda uchylił interpretację, ale jednocześnie powiązał możliwość łączenia dochodów zwolnionych z konkretną specjalną strefą ekonomiczną.

Dlaczego to rozstrzygnięcie ma znaczenie?

W argumentacji przedstawionej w sprawie akcentowano, że przepisy szczególne przewidują chronologiczne rozliczanie pomocy publicznej, w szczególności art. 12 ust. 2 ustawy o specjalnych strefach ekonomicznych oraz art. 13 ust. 6 i 7 ustawy o wspieraniu nowych inwestycji. Taki sposób odczytania przepisów ma przemawiać za łącznym ustalaniem dochodu z działalności zwolnionej oraz sekwencyjnym wykorzystywaniem dostępnych limitów pomocy.

Podnoszono również, że obowiązujące regulacje nie ustanawiają generalnego obowiązku prowadzenia odrębnej ewidencji dla każdego zezwolenia i każdej decyzji o wsparciu. Ewidencja powinna przede wszystkim umożliwiać ustalenie wyniku działalności zwolnionej oraz prawidłowości wykorzystania pomocy publicznej.

Istotne znaczenie miała też historia legislacyjna ustawy o wspieraniu nowych inwestycji. Wskazywano w niej na potrzebę uproszczenia rozliczeń i odejścia od obowiązku rozdzielania dochodów według poszczególnych zezwoleń i decyzji o wsparciu, przy jednoczesnym zachowaniu chronologii wynikającej z dat wydania tych instrumentów.

W tym ujęciu różnice terytorialne pomiędzy zezwoleniami strefowymi a decyzją o wsparciu nie powinny same przez się prowadzić do budowania dodatkowych, pozaustawowych ograniczeń w rozliczaniu zwolnienia podatkowego.

Wyrok wpisuje się w szerszą linię orzeczniczą

Stanowisko dopuszczające łączne ustalanie dochodu zwolnionego oraz chronologiczne rozliczanie pomocy publicznej znajdowało już potwierdzenie we wcześniejszym orzecznictwie, w tym w wyrokach NSA z 4 września 2024 r. (II FSK 18/22), 17 lipca 2024 r. (II FSK 404/24) i 4 lipca 2023 r. (II FSK 78/21), a także w późniejszych orzeczeniach wojewódzkich sądów administracyjnych.

W przywoływanych rozstrzygnięciach podkreślano, że przepisy nie zawierają normatywnego zakazu prowadzenia wspólnej ewidencji dla działalności objętej zezwoleniami strefowymi i decyzjami o wsparciu. Akcentowano również, że z regulacji tych nie wynika obowiązek wyodrębniania działalności zwolnionej według każdego instrumentu oddzielnie.

Zwracano ponadto uwagę, że objaśnienia podatkowe Ministerstwa Finansów mogą wspierać jednolitą praktykę stosowania prawa, ale nie mają charakteru powszechnie obowiązującego i nie mogą samodzielnie kreować dodatkowych obowiązków ewidencyjnych po stronie podatników.

Co ten wyrok może oznaczać dla przedsiębiorców?

Wskazać należy, że kluczowy jest sam kierunek rozstrzygnięcia. Dla przedsiębiorców korzystających równolegle z zezwoleń SSE i decyzji o wsparciu wyrok może mieć znaczenie zwłaszcza wtedy, gdy poszczególne instrumenty nie obejmują tego samego obszaru.

W praktyce warto przeanalizować w szczególności:

• przyjęty model ewidencji dla działalności zwolnionej,
• sposób ustalania dochodu zwolnionego,
• kolejność konsumowania limitów pomocy publicznej,
• wpływ wyroku na bieżące rozliczenia oraz na prowadzone spory z organami.

Orzeczenie może stać się ważnym punktem odniesienia dla podmiotów, które dotychczas przyjmowały bardziej restrykcyjne podejście wyłącznie z uwagi na różnice terytorialne pomiędzy zezwoleniami strefowymi a decyzjami o wsparciu.