Pillar II a ulgi i zwolnienia podatkowe. Jak najnowsze stanowiska KIS i Rady GLOBE wpływają na ETR?

Wprowadzenie w Polsce regulacji dotyczących globalnego podatku minimalnego (Pillar II) spowodowało powstanie licznych wątpliwości dotyczących wpływu krajowych ulg i zwolnień podatkowych na kalkulację efektywnej stawki podatkowej (ETR). Szczególne znaczenie mają najnowsze stanowiska Dyrektora KIS oraz Rady do spraw Opodatkowania Wyrównawczego, które dostarczają pierwszych wskazówek interpretacyjnych dotyczących stosowania nowych regulacji.

Czy ulga B+R może być uznana za kwalifikowaną zwrotną ulgę podatkową?

Przedmiotem opinii Dyrektora KIS z 13 stycznia 2026 r. (sygn. 0111-KDGB.480.3.2025.2.KKU) było ustalenie, czy polska ulga B+R może być uznana za kwalifikowaną zwrotną ulgę (qualified refundable tax credit – QRTC) w rozumieniu art. 64 ust. 3 ustawy o opodatkowaniu wyrównawczym.

Status taki ma istotne znaczenie – ulga kwalifikowana jest traktowana jako rodzaj dotacji pieniężnej (ang. cash grant). Jej wartość powiększa dochód do opodatkowania (zwiększa kwalifikowany dochód GloBE) oraz jednocześnie zwiększa podatki kwalifikowane, uwzględniane w kalkulacji ETR. Tym samym, QRTC nie ma istotnie negatywnego wpływu na poziom ETR danej grupy. Z kolei ulga niekwalifikowana nie ma wpływu na podstawę opodatkowania, nie zwiększając jednocześnie podatków kwalifikowanych, co ma wpływ na obniżenie ETR danej grupy w Polsce.

Wnioskodawca argumentował, że ulga B+R spełnia wszystkie cechy QRTC wymagane przez właściwe przepisy. W jego ocenie ma ona istotny charakter (może przekroczyć kwotę CIT), jest związana z podatkiem dochodowym oraz posiada element zwrotności, ponieważ niewykorzystana część może zostać rozliczona poprzez zwrot gotówkowy dla określonych podatników (art. 18da ustawy o CIT) albo poprzez pomniejszenie zaliczek na PIT (ekwiwalent pieniężny) jako tzw. ulga na innowacyjnych pracowników (art. 18db ustawy o CIT). Zdaniem wnioskodawcy mechanizmy te zapewniają również spełnienie warunku terminowości, gdyż korzyść ekonomiczna może zostać uzyskana już w roku następującym po roku nabycia prawa do ulgi.

Dyrektor KIS nie zgodził się z tym stanowiskiem. Opierając się m.in. na wytycznych OECD Organ podkreślił, że kwalifikacja ulgi powinna być dokonywana na podstawie oceny całego systemu ulg podatkowych, a nie sytuacji konkretnego podatnika. Kluczowe znaczenie przypisano warunkowi zwrotu lub odliczenia w terminie czterech lat od nabycia prawa do ulgi.

W ocenie Dyrektora KIS podstawowy mechanizm ulgi B+R przewidziany w art. 18d ust. 8 ustawy o CIT pozwala na rozliczanie niewykorzystanej ulgi przez sześć kolejnych lat podatkowych. Oznacza to, że konstrukcja ulgi nie gwarantuje odzyskania korzyści w wymaganym przez przepisy Pillar II czteroletnim terminie. Organ uznał również, że mechanizmy z art. 18da i 18db CIT mają charakter uzupełniający i nie zmieniają systemowo określonego okresu rozliczania ulgi. W konsekwencji, Dyrektor KIS stwierdził, że ulga B+R nie może być uznana za QRTC.

Wsteczne rozliczenie ulg podatkowych

Opinia Rady GLOBE nr 1/2026 z 27 maja 2026 r. dotyczyła określonych skutków działalności w specjalnej strefie ekonomicznej (SSE) na gruncie Pillar II oraz korekt rozliczeń podatkowych za lata podatkowe, kiedy Pillar II jeszcze nie obowiązywał.

W zakresie korekty CIT Zainteresowanego za 2023 r. Rada potwierdziła, że nie powinna ona wpływać na podatki kwalifikowane za 2025 r., a co za tym idzie na wynik kalkulacji ETR. Opierając się na Modelowych Zasadach OECD Rada wskazała, że dla uznania konkretnego podatku za podatek kwalifikowany za dany rok, powinien on być nie tylko ujęty w księgach, ale również dotyczyć dochodu z tego roku. Tym samym, korekty dotyczące okresów sprzed objęcia podatnika systemem GloBE nie powinny zniekształcać ETR w latach objętych opodatkowaniem wyrównawczym.

To istotne dla podatników Pillar II, którzy chcą skorzystać z ulg podatkowych wstecznie – za lata 2023 i wcześniejsze. Bazując na stanowisku z ww. Opinii, która stanowi obecnie jedno z pierwszych dostępnych źródeł interpretacyjnych dotyczących stosowania przepisów Pillar II w praktyce,  odzyskanie podatku po takich korektach, mimo wykazania wpływu takiego zwrotu w bieżącym sprawozdaniu finansowym, powinno pozostać dla Pillar II neutralne. 

Podsumowanie

Omówione rozstrzygnięcia dostarczają istotnych wskazówek podatnikom objętym regulacją globalnego podatku minimalnego, którzy korzystają z ulg i zwolnień podatkowych.

Jednocześnie, należy mieć na uwadze, że polski system preferencji podatkowych będzie jeszcze przechodzić istotne modyfikacje ze względu na system GloBE. Zgodnie z założeniami opublikowanego przez OECD w styczniu 2026 r. tzw. Side-by-Side Package, zachęty podatkowe oparte o poniesione wydatki lub wartość wytworzonych środków trwałych otrzymają status qualified tax incentive (QTI) i będą rozliczane w sposób zapewniający (potencjalnie) ich neutralność w zakresie Pillar II. Rozwiązanie to ma „uratować” zachęty podatkowe ukierunkowane na inwestycje i rozwój.