Wyrok NSA w sprawie opodatkowania VAT spółek samorządowych

Naczelny Sąd Administracyjny rozstrzygnął istotne wątpliwości dotyczące statusu podatkowego spółek komunalnych realizujących zadania własne JST

W dniu 22 września 2025 r. skład siedmiu sędziów Naczelnego Sądu Administracyjnego (dalej: NSA) wydał długo oczekiwany wyrok w sprawie o sygn. I FSK 678/21, dotyczący opodatkowania VAT spółek prawa handlowego utworzonych przez jednostki samorządu terytorialnego (dalej: JST) w celu realizacji ich zadań własnych.
 

Istota problemu prawnego

Spór dotyczył pytania: czy spółka prawa handlowego utworzona przez JST, której jedynym przedmiotem działania jest realizacja zadań własnych JST (gminy, powiatu lub województwa) i której koszty działalności operacyjnej są finansowane rekompensatą od JST, powinna być uznana za podatnika VAT?

Zagadnienie, które stanęło przed NSA dotyczyło sytuacji, gdzie spółka:

• jest w 100% własnością JST;
• wykonuje wyłącznie zadania własne samorządu służące zaspokajaniu potrzeb społecznych na jego obszarze;
• nie prowadzi działalności nastawionej na zysk;
• jest finansowana wyłącznie w formie rekompensaty za świadczenie usług publicznych;
• zarządza powierzonymi środkami finansowymi będącymi środkami publicznymi w rozumieniu ustawy o finansach publicznych, które nie stanowią przychodu po jej stronie.

Warto zatem zauważyć, że stan faktyczny sprawy rozstrzygniętej przez NSA jest dość specyficzny.
 

Tło sprawy

Sprawa rozpoczęła się od wniosku Regionalnego Funduszu Rozwoju Województwa Łódzkiego sp. z o.o. (dalej: Spółka) o wydanie interpretacji indywidualnej dotyczącej podatku VAT. Spółka ta została powołana w 2019 r. wyłącznie w celu realizacji na rzecz Województwa zadania publicznego polegającego na wspieraniu i promowaniu rozwoju regionu poprzez wprowadzenie na rynek regionalny instrumentów finansowych przeznaczonych na realizację celów polityki rozwoju Województwa.

Spółka, będąc w 100% własnością Województwa, miała realizować zadania w zakresie wspierania rozwoju gospodarczego regionu, w szczególności ułatwiania dostępu do finansowania dla mikro, małych i średnich przedsiębiorstw. Jej koszty działalności pokrywane były przez Województwo w formie rekompensaty.

Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej w wydanej interpretacji indywidualnej uznał, że Spółka jest podatnikiem VAT i powinna opodatkować otrzymywaną rekompensatę. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Łodzi wyrokiem z 26 stycznia 2021 r. (sygn. I SA/Łd 525/20) uchylił tę interpretację, w następstwie czego wskutek skargi kasacyjnej organu podatkowego sprawa trafiła przed NSA.
 

Rozbieżności w orzecznictwie NSA

Naczelny Sąd Administracyjny dostrzegł istotne rozbieżności w dotychczasowym orzecznictwie dotyczącym tej problematyki:

1. zgodnie z pierwszym stanowiskiem spółka komunalna działająca w ramach powierzonych jej zadań organu władzy publicznej nie jest podatnikiem VAT. Sądy uznawały, że spółka prawa handlowego, której jedynym udziałowcem jest JST, działa jako podmiot prawa publicznego w rozumieniu art. 13 ust. 1 dyrektywy VAT (wyroki NSA: z 8 czerwca 2017 r., sygn. I FSK 1117/15; z 16 lipca 2019 r., sygn. I FSK 587/17; z 22 lipca 2020 r., sygn. I FSK 1366/17; z 9 listopada 2023 r., sygn. I FSK 1003/23).
2. w świetle drugiego stanowiska spółka prawa handlowego utworzona przez JST zawsze podlega opodatkowaniu VAT, ponieważ nie wchodzi w skład administracji samorządowej, lecz prowadzi niezależną działalność gospodarczą. Nie dysponuje prerogatywami władztwa publicznego i jest objęta zakresem podmiotowo-przedmiotowym VAT (wyroki NSA: z 3 grudnia 2021 r., sygn. I FSK 2067/21; z 26 stycznia 2023 r., sygn. I FSK 1958/19; z 26 czerwca 2024 r., sygn. I FSK 1480/20; z 23 sierpnia 2024 r., sygn. I FSK 1653/20).

Rozstrzygnięcie NSA

W wyroku z 22 września 2025 r. skład siedmiu sędziów NSA oddalił skargę kasacyjną organu podatkowego, co oznacza potwierdzenie stanowiska WSA w Łodzi, że spółka nie jest podatnikiem VAT.

W chwili obecnej znane jest tylko ustne uzasadnienie wyroku, w ramach którego za kluczowe można wskazać:

1. Stwierdzenie przez NSA, że brak jest działalności gospodarczej w rozumieniu VAT -  działalność spółki realizującej wyłącznie zadania publiczne JST i finansowanej poprzez rekompensaty nie ma charakteru gospodarczego w rozumieniu ustawy o VAT. W takiej sytuacji w ocenie NSA nie ma nawet potrzeby analizowania przesłanek z art. 15 ust. 6 ustawy o VAT (wyłączenie organów władzy publicznej z opodatkowania), skoro nie mamy do czynienia z działalnością gospodarczą w ogóle.
2. Eliminacja ryzyka gospodarczego – wynikająca ze specyficznego modelu finansowania opartego na rekompensatach, który eliminuje element ryzyka handlowego.
3. Charakter zadania publicznego - działalność spółki w zakresie użyteczności publicznej stanowi narzędzie dla realizacji celów województwa, a nie służy uczestnictwu w wolnym rynku.
4. Powołanie się przez NSA na najnowszye orzecznictwo TSUE dot. JST – w szczególności na wyroki z dnia 30 marca 2023 r. w sprawach C-612/21 (Gmina Opinogóra Górna) oraz C-616/21 (Gmina Lublin) dotyczące braku opodatkowania JST z tytułu działalności podejmowanej lub transakcji dokonywanych przez nie jako organy władzy publicznej i finansowanych ze środków publicznych.
   

Co może zatem przynieść rozstrzygnięcie NSA samorządom?

Korzystne byłoby, aby to przełomowe rozstrzygnięcie (wydane w składzie 7 sędziów NSA) doprowadziło do jednolitej praktyki orzeczniczej we wszystkich podobnych sprawach. Skutki uznania spółki za podatnika VAT lub wyłączenia jej z tego kręgu mają bowiem daleko idące konsekwencje - nie tylko dla samych spółek, ale także dla ich relacji z JST.

W świetle wyroku NSA, JST posiadające spółki komunalne powinny zweryfikować, na ile sytuacja ich spółek odpowiada kryteriom wskazanym w analizowanym wyroku NSA.

Tam, gdzie analiza wykaże zbieżność z kryteriami przyjętymi w wyroku 7 sędziów NSA, może być niezbędna zmiana dotychczasowego podejścia do rozliczeń VAT – zarówno z perspektywy JST, jak i jej spółki komunalnej. Niemniej, przed podjęciem jakichkolwiek działań każdorazowo rekomendowana jest dogłębna analiza stanu faktycznego w świetle wyroku NSA.