Odliczanie VAT od pojazdów samochodowych (do 3,5 tony) – kolejny wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego nie po myśli samorządów

Od 1 stycznia 2016 r. jednostki samorządu terytorialnego (dalej: JST) dokonując odliczenia VAT naliczonego od pojazdów samochodowych (do 3,5 tony), które są przez nie wykorzystywane zarówno na potrzeby prowadzonej działalności gospodarczej, jak i działalności innej niż gospodarcza (wykorzystanie mieszane), stają każdorazowo przed wyzwaniem w jaki sposób dokonać takiego odliczenia, tak aby nie narazić się na ewentualny zarzut ze strony organów skarbowych.   

Podjęcia odpowiedniej decyzji w tym zakresie nie ułatwiały istniejące dotychczas rozbieżności interpretacyjne pomiędzy stanowiskiem prezentowanym w tej kwestii przez Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej (dalej: DKIS) oraz co do zasady przez Wojewódzkie Sądy Administracyjne (dalej: WSA).

Istota problemu

Z dniem 1 stycznia 2016 r. do polskiego porządku prawnego wprowadzono przepisy art. 86 ust. 2a i n. ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (tj. Dz. U. z 2025 r., poz. 775 ze zm.; dalej: ustawa o VAT) nakładające na podatników VAT, w szczególności JST, obowiązek stosowania dla potrzeb odliczania VAT naliczonego od wydatków wykorzystywanych przez te podmioty w sposób mieszany, tj. zarówno na potrzeby prowadzonej działalności gospodarczej (czynności opodatkowane VAT), jak i działalności innej niż gospodarcza (czynności pozostające poza zakresem opodatkowania VAT), tzw. proporcji (pre-współczynnika).

W tym zakresie daleko idące wątpliwości budzi kwestia czy dla potrzeb odliczania VAT naliczonego od wydatków związanych z pojazdami samochodowymi (do 3,5 tony), wykorzystywanymi w sposób mieszany, poza zastosowaniem ograniczenia prawa do odliczenia VAT naliczonego, o którym mowa w art. 86a ust. 1 ustawy o VAT – zgodnie z którym w przypadku wydatków związanych z pojazdami samochodowymi kwotę podatku naliczonego, stanowi 50% kwoty podatku wynikającej z faktury otrzymanej przez podatnika, konieczne jest dodatkowe zastosowanie mechanizmu pre-współczynnika.

Stanowisko DKIS – pre-współczynnik + ograniczenie 50%

W interpretacjach indywidualnych DKIS prezentowane jest stanowisko niekorzystne dla JST, uznające, że w celu obliczenia kwoty podatku naliczonego podlegającej odliczeniu od wydatków związanych z pojazdami samochodowymi (do 3,5 tony), wykorzystywanymi przez JST w sposób mieszany, JST jest zobowiązana:

• w pierwszej kolejności zastosować mechanizm pre-współczynnika;
• następnie do tak wyliczonej kwoty podatku zastosować dodatkowe ograniczenie wynikające z art. 86a ust. 1 ustawy o VAT, tj. pomniejszyć tą kwotę o 50 %.

Podejście WSA – wyłącznie ograniczenie 50%

Z kolei znaczna część wyroków WSA prezentowała w komentowanym obszarze korzystne dla JST podejście, wskazując, że przepis art. 86a ust. 1 ustawy o VAT (50%) stanowi wobec art. 86 ust. 2a ustawy o VAT (pre-współczynnik) przepis szczególny (lex specialis), który tym samym wyłącza w zakresie objętych nim wydatków (związanych z pojazdami samochodowymi do 3,5 tony, wykorzystywanymi w sposób mieszany) zastosowanie pre-współczynnika.

Orzecznictwo Naczelnego Sądu Administracyjnego – pre-współczynnik + ograniczenie 50% – uznanie stanowiska DKIS za prawidłowe

Ze stanowiskiem prezentowanym przez WSA nie zgodził się Naczelny Sąd Administracyjny (dalej: NSA). Zdaniem NSA, dyspozycja przepisu art. 86a ust. 1 ustawy o VAT (50%), nie obejmuje przypadków, w których wydatki związane z pojazdami samochodowymi (do 3,5 tony), wykorzystywane są w sposób mieszany, tj. zarówno na potrzeby prowadzonej działalności gospodarczej (czynności opodatkowane VAT), jak i działalności innej niż gospodarcza (czynności pozostające poza zakresem opodatkowania VAT). Powyższe z kolei, w ocenie NSA, implikuje konieczność, poza zastosowaniem 50 % ograniczenia prawa do odliczenia VAT naliczonego, zastosowania dodatkowo dla potrzeb realizacji tego prawa mechanizmu pre-współczynnika.

Przedstawione stanowisko zostało zaprezentowane przez NSA, w szczególności w orzeczeniach z dnia 11 września 2024 r., sygn. akt: I FSK 1691/23 oraz z dnia 14 kwietnia 2026 r., sygn. akt: I FSK 1158/23. Ponadto NSA potwierdził jednolitość swojego stanowiska również w ostatnio wydanym wyroku w komentowanym obszarze, tj. w orzeczeniu z dnia 12 czerwca 2026 r., sygn. akt: I FSK 1103/23.

Co to oznacza dla JST w praktyce?

Stanowisko prezentowane przez NSA, chociaż nie po myśli samorządów, wskazuje obecnie jednoznacznie, że w celu obliczenia kwoty podatku naliczonego podlegającej odliczeniu od wydatków związanych z pojazdami samochodowymi (do 3,5 tony), wykorzystywanymi przez JST w sposób mieszany, JST jest zobowiązana do jednoczesnego zastosowania ograniczenia prawa do odliczenia VAT naliczonego, o którym mowa w art. 86a ust. 1 ustawy o VAT (50%) oraz mechanizmu pre-współczynnika. Jednocześnie mając na uwadze, iż wyroków NSA w tym obszarze zapadło już kilka, należy spodziewać się, że stanowisko prezentowane przez kolejne składy tego Sądu pozostanie spójne z dotychczasową linią orzeczniczą.

Mając zatem na uwadze niekorzystne dla JST stanowisko prezentowane przez DKIS oraz NSA, warto wykorzystać moment, w którym obecnie się znajdujemy na zweryfikowanie sposobu w jaki w ramach danej JST dokonywane było odliczenie VAT naliczonego od wydatków związanych z pojazdami samochodowymi (do 3,5 tony), wykorzystywanymi przez JST w sposób mieszany. Należy bowiem wskazać, iż w świetle kształtującego się podejścia o konieczności jednoczesnego zastosowania dla potrzeb odliczania VAT od tego rodzaju wydatków 50% ograniczenia prawa do odliczenia VAT naliczonego oraz mechanizmu pre-współczynnika, każde odliczenie według innej metodologii niż opisana powyżej, może powodować istotne ryzyko zawyżenia dokonanego przez JST odliczenia VAT naliczonego, a finalnie prowadzić do poważnych konsekwencji finansowych i prawnych dla JST.