JST nie jest podatnikiem VAT przy aporcie do spółki prowadzącej szpital – przełomowy wyrok NSA

Tło sporu

Powiat planował podwyższenie kapitału zakładowego spółki komunalnej (100% udziałów powiatu), prowadzącej szpital, poprzez wniesienie aportu w postaci sprzętu medycznego, wyposażenia oraz nakładów inwestycyjnych na budynek.

Istotne w sprawie było to, że powiat nie odliczał podatku VAT naliczonego przy nabyciu tych składników majątkowych, traktując je od początku jako związane z zadaniami publicznymi, tj. poza zakresem ustawy o VAT. 

Stanowisko organów podatkowych

Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej (DKIS) uznał stanowisko powiatu za nieprawidłowe. Organ wskazał, że już na etapie zakupu sprzętu medycznego, wyposażenia i ponoszenia nakładów inwestycyjnych powiat planował wniesienie tych składników majątkowych aportem do spółki, a w zamian za aport miał otrzymać udziały w podwyższonym kapitale zakładowym. Zdaniem DKIS przesądza to o związku wydatków z czynnością opodatkowaną oraz o tym, że aport stanowi odpłatną dostawę towarów oraz odpłatne świadczenie usług w rozumieniu art. 7 ust. 1 i art. 8 ust. 1 ustawy o VAT.

DKIS podkreślił, że wniesienie aportu ma niewątpliwie charakter czynności cywilnoprawnej, a wyłączenie przewidziane w art. 15 ust. 6 ustawy o VAT nie obejmuje czynności realizowanych przez JST na podstawie umów cywilnoprawnych

Podobne stanowisko DKIS zajmuje w licznie wydawanych interpretacjach, przykładowo w interpretacji z 25 maja 2026 r. o sygn. 0111-KDIB3-2.4012.229.2026.1.DK.

Podejście sądów administracyjnych

WSA w Łodzi uchylił interpretację wydaną dla powiatu, uznając, że w realiach sprawy aport jest elementem wykonywania zadania własnego powiatu w zakresie ochrony zdrowia, realizowanego poprzez spółkę w 100% kontrolowaną przez JST. Sąd I instancji podkreślił, że spółka szpitalna jest całkowicie podporządkowana powiatowi, a jej działalność służy wyłącznie realizacji zadań publicznych, co uzasadnia wyłączenie z art. 15 ust. 6 ustawy o VAT.

NSA w wyroku o sygn. akt I FSK 1886/23 oddalił skargę kasacyjną DKIS, potwierdzając, że cywilnoprawna forma (aport do spółki z o.o.) nie przesądza automatycznie o komercyjnym charakterze czynności. Z ustnego uzasadnienia wyroku wynika, że kluczowe dla sprawy było, że spółka realizuje wyłącznie zadania użyteczności publicznej, pozostając pod pełną kontrolą powiatu, a aportowane składniki służą wyłącznie tym zadaniom. Naczelny Sąd Administracyjny zaakceptował pogląd, że przy pełnej kontroli właścicielskiej JST i publicznym charakterze działalności spółki aport pozostaje w sferze zadań publiczno-prawnych, a nie działalności gospodarczej podlegającej VAT.

Co ten wyrok oznacza dla JST? 

Pomimo że wyrok NSA wzmacnia argumentację, że aport majątku do spółki komunalnej może korzystać z wyłączenia z art. 15 ust. 6 ustawy o VAT, w praktyce nie oznacza to automatycznie, że w przypadku każdej transakcji aportu JST nie będzie działać w charakterze podatnika VAT.

JST przy planowanej transakcji aportu powinna w szczególności zweryfikować czy:

• spółka realizuje wyłącznie zadania użyteczności publicznej (tj. nie prowadzi działalności komercyjnej),
• spółka pozostaje pod pełną kontrolą organizacyjną i kapitałową JST,
• aportowane składniki majątku są od początku związane z działalnością poza zakresem ustawy o VAT.

Każdy przypadek wniesienia majątku do spółki komunalnej powinien być analizowany indywidualnie, z uwzględnieniem zarówno omawianego wyroku, jak i pozostałego orzecznictwa oraz aktualnej praktyki DKIS.

W świetle powyższego należy dobrze przygotować się do planowanych działań dotyczących planowanego aportu. Brak należytej staranności w tym zakresie może bowiem spowodować, że JST zostanie zaskoczona tym, jak organy potraktują na gruncie VAT jej planowane działania.