Możliwe przypadki nadużycia prawa w podatku VAT w JST

Jak wynika z opublikowanej w lipcu 2025 r. przez Najwyższą Izbę Kontroli (NIK) informacji o wynikach kontroli przeprowadzonej za okres od stycznia 2022 r. do czerwca 2024 r. w zakresie przeciwdziałania uszczuplaniu dochodów z VAT oraz podatku akcyzowego, aż 76 spośród 97 przypadków zidentyfikowanych zagrożeń mogących mieć wpływ na prawidłowość wykonywania obowiązków podatkowych w podatku VAT przekazanych przez Dyrektora KIS do Ministerstwa Finansów dotyczyło kwestii związanych z inwestycjami realizowanymi przez jednostki samorządu terytorialnego (JST). Są to sprawy, w których Szef KAS potwierdził istnienie uzasadnionego przypuszczenia nadużycia prawa, o którym mowa w art. 5 ust. 5 ustawy o VAT lub chęć osiągnięcia korzyści podatkowych (odliczenie podatku naliczonego w pełnej wysokości), których przyznanie byłoby zdaniem Szefa KAS sprzeczne z celem, któremu służą te przepisy.

NIK wskazuje również, że z analiz Szefa KAS prowadzonych w kontekście występowania przypadków nadużycia prawa w podatku VAT przez JST wynika, że od marca 2017 r. do grudnia 2022 r. organy podatkowe przeprowadziły około 2,2 tys. kontroli podatkowych, kontroli celno-skarbowych oraz postępowań podatkowych dotyczących weryfikacji rozliczeń JST w zakresie podatku VAT. Co istotne w wyniku 2/3 tych kontroli i postępowań stwierdzono nieprawidłowości, zaś w trakcie 39 kontroli podatkowych i 10 postępowań podatkowych stwierdzono nadużycie prawa w podatku VAT przez JST, a łączna kwota zawyżenia podatku naliczonego wyniosła ok. 1,4 mln zł.

NIK zwraca także uwagę na wnioski płynące z „Raportu ws. opinii Szefa KAS wydawanych na wniosek dyrektora KIS na podstawie art. 14b § 5c Ordynacji podatkowej dot. wystąpienia uzasadnionego przypuszczenia nadużycia prawa w podatku VAT” przygotowanego w czerwcu 2024 r. przez Departament Orzecznictwa Podatkowego, tj. liczbę spraw dotyczących JST rozpatrzonych przez Szefa KAS, która wzrosła z 20 w okresie od marca 2017 r. do grudnia 2021 r. do 37 w 2022 r. oraz 97 w 2023 r. a także ich powtarzalność. Spraw te dotyczą JST zmierzających do uzyskania potwierdzenia od Dyrektora KIS w drodze wniosku o wydanie interpretacji indywidualnej przysługującego im prawa do pełnego odliczenia VAT, pomimo okoliczności faktycznych, które zdaniem organów podatkowych skłaniają do przypuszczenia, że prowadzić mogą do przyznania ww. prawa wbrew zasadniczym celom ustawy o VAT.

VAT w JST: Klauzula nadużycia prawa i odmowa wydania interpretacji

Na gruncie VAT pod pojęciem nadużycia prawa rozumie się dokonanie czynności podlegających opodatkowaniu VAT w ramach transakcji, która pomimo spełnienia warunków formalnych ustanowionych w przepisach ustawy, miała zasadniczo na celu osiągnięcie korzyści podatkowych, których przyznanie byłoby sprzeczne z celem, któremu służą te przepisy. Co więcej, w przypadku wystąpienia nadużycia prawa dokonane czynności wywołują jedynie takie skutki podatkowe, jakie miałyby miejsce w przypadku odtworzenia sytuacji, która istniałaby w braku czynności stanowiących nadużycie prawa.

Ordynacja podatkowa stanowi natomiast, że w zakresie tych elementów stanu faktycznego lub zdarzenia przyszłego, co do których istnieje uzasadnione przypuszczenie, że mogą stanowić nadużycie prawa, o którym mowa w ustawie o VAT odmawia się wydania interpretacji indywidualnej.

Problemy JST z uzyskaniem interpretacji indywidualnej

W oparciu te regulacje Dyrektor KIS coraz częściej odmawia wydawania interpretacji indywidualnych, gdy uzna, że w sprawie zaistniały przesłanki wskazujące na możliwe nadużycie prawa. Z naszego doświadczenia wynika, że w przypadku JST najczęściej chodzi o sytuacje, w których pytają one o pełne prawo do odliczenia VAT w związku z realizacją inwestycji, których majątek jest udostępniany innemu podmiotowi w drodze odpłatnej umowy (np. dzierżawy, najmu, przesyłu), a wysokość ustalonego przez strony tej umowy wynagrodzenia budzi wątpliwości organów.

Odmowa wydania interpretacji to swoiste ostrzeżenie Dyrektora KIS dla JST, która jak wskazuje NIK w wynikach kontroli, ma zniechęcić JST do podejmowania działań mogących w ocenie organów podatkowych nosić znamiona nadużycia prawa i w praktyce w analizowanych sytuacjach zablokować odliczenie VAT.

Wnioski z wyników kontroli NIK dla JST

W wyniku przeprowadzonej kontroli NIK stwierdził, że zasadnym byłoby nakierowanie części zaawansowanych analiz na rozliczanie przez JST podatku VAT.

W konsekwencji można wysnuć przypuszczenie, że organy podatkowe w najbliższym czasie zintensyfikują działania związane z weryfikacją rozliczeń VAT JST i mogą się im przyglądać z większą uwagą oraz w szerszym niż dotąd zakresie. Co za tym idzie, JST powinny w sposób szczególny zwrócić uwagę na sposób prowadzenia rozliczeń w VAT i zadbać o ich prawidłowość.