La ley chilena provee incentivos especiales para:

-  La industria petrolera
-  La industria de substancias radioactivas
-  Las operaciones en las zonas francas de Arica, Iquique y Punta Arenas
-  Las operaciones en las Regiones I, XI y XII y en la Provincia de Chiloé
-  Los exportadores
-  La industria forestal
-   Actividades de investigación y desarrollo

• Industria petrolera 

Las empresas que suscriben un acuerdo de explotación petrolera con la Empresa Nacional del Petróleo pueden ser eximidas del régimen tributario normal. Como substituto, se aplica un impuesto del 50% al contrato.
No obstante lo anterior, se pueden otorgar reducciones de hasta el 100% de este impuesto substitutivo o del régimen tributario normal de las empresas, dependiendo del grado de riesgo que haya para el contratista. Se pueden otorgar reducciones similares relacionadas con impuestos, derechos y aranceles sobre la importación de la maquinaria y el equipo necesario para cumplir con el contrato.
Los subcontratistas extranjeros no residentes están sujetos a un impuesto fijo del 20% sobre sus honorarios brutos.

• Sustancias radioactivas 

Las empresas que suscriben un contrato con la Comisión Chilena de Energía Nuclear para explorar, explotar o procesar substancias radioactivas pueden recibir un tratamiento de impuestos similar al de la industria petrolera.

• Zonas francas 

Una zona franca es un área de territorio que rodea un puerto o aeropuerto que para efectos de aranceles de importación se considera que está fuera del territorio de Chile. Actualmente, existen zonas francas en los puertos de Iquique, Arica y Punta Arenas. La zona franca de Arica está disponible sólo para las industrias electrónica, metalmecánica y química.

Las mercancías importadas a una zona franca pueden ser mantenidas en depósito, exhibidas, desembaladas, empacadas, etiquetadas, divididas, reempacadas o vendidas dentro de la zona franca. Además, los productos y materias primas importados pueden ser ensamblados, terminados, conectados, manufacturados o transformados dentro de la zona franca.

A las empresas que operan dentro de una zona franca se les otorgan las siguientes exenciones:

-  Impuesto de Primera Categoría: todas las operaciones dentro de la zona franca están exentas
-  Impuesto al Valor Agregado: todas las operaciones dentro de la zona franca están exentas
-  Aranceles de importación: los productos importados a una zona franca están exentos.

Las ventas y transferencias de mercancías desde una zona franca a otra área del país se consideran importaciones y generarán aranceles de importación e Impuesto al Valor Agregado cuando sean sacadas de la zona franca. Sin embargo, la I Región y la región de Punta Arenas se consideran zonas de extensión de la zona franca. Los productos transferidos de las zonas francas a las zonas de extensión están sujetos a un impuesto único del 0,9 %  que puede ser usado como crédito fiscal IVA. Este impuesto del puede aumentar o disminuir en la misma proporción en que pueda aumentar o disminuir el arancel aduanero medio.

En el año 2002, una Zona Franca fue creada en la segunda región para las ventas de productos a la minería.
 
• Incentivos regionales 

Las actividades ubicadas en el extremo norte (I Región) y en el extremo sur (XI y XII Regiones y Provincia de Chiloé) tienen una exención parcial en el impuesto a la renta personal de los empleados. Se permite una deducción a la renta imponible personal equivalente a la que es otorgada a los empleados públicos en la Región.

Adicionalmente, la mayoría de los empleadores recibe un incentivo equivalente al 17% de las remuneraciones imponibles con topes anuales.
Estos beneficios se pierden si el contribuyente no paga sus impuestos oportunamente.
También existen incentivos tributarios especiales para las actividades en Tierra del Fuego o en el Territorio Antártico.

Desde el 1° de Enero de 2002, las empresas industriales y manufactureras de partes y piezas para la minería y que se encuentren localizadas en la provincia de Tocopilla gozan de los siguientes beneficios:

1.  Exención, por un período de 25 años, del impuesto de Primera Categoría.
2.  Exención del pago de derechos de aduana en la importación de bienes relacionados con el negocio.
3.  Otras disposiciones sobre zonas francas.

• Incentivos a las exportaciones 

Las bodegas de exportaciones privadas permiten a los exportadores usar materias primas y piezas extranjeras en sus procesos de fabricación sin pagar aranceles de importación, siempre que los productos sean exportados dentro de un período determinado.
Ya que las exportaciones no están afectas al IVA, los exportadores obtienen el reembolso de todo el IVA generado en sus compras de productos o servicios relacionados con sus actividades de exportación. Este reembolso también es aplicable a las empresas que transportan carga y pasajeros hacia y desde Chile, a las que proporcionan alimentos y bebidas a aviones y barcos en tránsito, y a las que prestan servicios a entidades no residentes que son considerados como exportaciones por el servicio de aduanas.

A contar del 1 de enero de 2003 el reintegro ("drawback") se ha reducido a un 3% del valor líquido de retorno de las exportaciones "no tradicionales", si el valor FOB total de las mismas de cualquier año calendario no es superior a US$18.000.000.  Los productos excluidos de este beneficio se detallan en una lista que es publicada a más tardar el 30 de marzo de cada año.

Los exportadores pueden obtener el reembolso de los derechos de aduana que hayan pagado en las importaciones de materias primas, productos semi-manufacturados y piezas, si éstos han sido utilizados en productos o servicios exportados. El exportador debe elegir entre este reembolso y el reintegro a las exportaciones no tradicionales, si tiene derecho a ambos beneficios.

El exportador deberá elegir entre este reembolso y el “drawback” sobre exportaciones no tradicionales cuando sea elegible para ambos beneficios.

La ley de aduanas permite el reintegro de los derechos en las importaciones de productos que sean reexportados después de procesos menores, tales como ensamblaje, embalaje, terminación, planchado y etiquetado.

•  Industria forestal

Se han reintroducido incentivos a las plantaciones en terrenos marginales y degradados.
También se han creado incentivos para el pequeño agricultor.

• Actividades de investigación y desarrollo

La Ley 20.241 que fue publicada en el diario oficial el 19 de enero de 2008 estableció un incentivo tributario para las inversiones privadas en investigación y desarrollo. Los contribuyentes del Impuesto de Primera Categoría que  declaran sus impuestos mediante contabilidad completa, pueden beneficiarse con este incentivo.
 
En general, consiste en un crédito contra el impuesto de primera Categoría equivalente al 35% de todos los pagos relacionados con contratos de investigación y desarrollo debidamente certificados por La Corporación de Fomento de la Producción (CORFO). Estos contribuyentes deberán además cumplir con otros requisitos establecidos en esta ley.